台灣高屏溪、冬山河等部份河川出現甚多的外來魚種琵琶魚(俗稱垃圾魚)，對當地水域環境生態造成嚴重影響，根據農業委員會漁業署調查發現，可能是人為的刻意放生、棄養所造成，金門縣水產試驗所特別提醒地區民眾，在放生魚類時，應經過審慎評估，否則不當的放生或棄養水族，對自然生態環境將造成更大的衝擊與傷害。

本縣早期鄉野溪流生態，有鯽魚、鯉魚、鱔魚、蓋斑鬥魚等本土性魚種，然而卻隨著環境的污染，以及外來族群的入侵，本土生態「原味」為之喪失殆盡。令人記憶猶新的是吳郭魚的引進及充斥田間的福壽螺，在人們發現經濟價值低劣的情況下，大量放生於池塘溪流或田野中衍生，對本土自然生態造成相當程度之影響。

金門水試所指出，放流魚類在增殖漁業資源上有其正面的意義，惟因魚類種類繁多，每種魚類之生態習性棲息環境條件並不相同，且部份外來種將可能威脅原生魚種，因此在放生魚類時，如未經審慎評估，不但可能對於放生之物種有害，甚至可能造成生態環境及原生種更大的傷害。

水試所表示，目前本縣在放流魚苗時，均會事先評估才進行放流工作，因此在未經專業評估前，請民眾不要隨意放生或棄養魚族。