推動擴大小三通的中轉功能與範圍，讓小三通走得更順暢，是縣府積極推動的政策，但根據縣警局刑警隊針對「台商中轉治安情勢分析」，亦可窺見走私集團中轉貨物問題將日益嚴重，成為台省通緝要犯闖關途徑，違反商標法案類屢見不鮮，兩岸跨境犯罪案件逐漸增多，不僅嚴重威脅兩岸社會治安穩定，也成為金門鄉親最大的隱憂，更凸顯建立兩岸治安連繫機制的迫切性。

縣警局刑警隊在轉變中的金門｜「台商中轉治安情勢分析」｜文中指出，兩岸由金門開啟「小三通」交流新頁，金廈定期航班的實施(計有金門的「金龍號」、「太武號」、「馬可波羅號」、廈門的「同安號」、「新集美號」、「鼓浪嶼號」)，便利了往來兩岸民眾及旅遊相關業者的發展，更可以說，定期航班在小三通中轉上是極為重要且關鍵的一環，在未來擴大中轉具有不可或缺的地位。故對地區而言，小三通目前定位在「試辦」的模式，積極推動小三通的中轉功能與範圍，讓小三通走得更順暢。

刑警隊表示，隨著「中轉」愈來愈熱絡，不法分子藉機從事走私、偷渡和販毒的勾當，卻利用兩岸司法不能連線作業的漏洞規避刑責，因此，兩岸跨境犯罪案件逐漸增多，成為治安的不定時炸彈，已嚴重威脅兩岸社會治安穩定與人民生命財產安全，成為金廈警界共同頭痛的課題，亦是金門鄉親最大的隱憂。

根據刑警隊對於今年年初兩岸中轉人數統計，從九十二年一月二十六日至三十日、二月四日至十日經金門中轉台商眷屬與旅遊觀光人潮估計有四千五百人左右，其中包括前往大陸進行訪問交流包括台灣醫事聯盟協會「醫療考察團」、金門縣海浪救生協會、縣音樂協會等團體，甚至金門農工職校電子科、商科學生也選擇到大陸畢業旅遊。

從犯罪情勢方面的分析，刑警隊指出，由「小三通」中轉治安轉變可窺見地區犯罪情勢，其中，可發現走私集團中轉貨物問題將日益嚴重，利用金廈航線由金門中轉大陸或由大陸中轉台灣牟利的兩岸三地犯罪模式，如今年一月十日海巡隊查獲贓車集團由水頭運往廈門之台灣贓車解體裝箱、一月二十三日查獲走私大陸高爾夫球組具一批、大量海蚵與未檢疫犬隻屢有發生。

其次，小三通中轉也成為台省通緝要犯闖關途徑，在今年一月二十四日岸巡總隊由金門中轉返台回家過年的台商及眷屬中，查獲其中一名台商因涉及侵佔罪嫌，遭台中地院通緝中；而在一月二十一、二十四、二十六日廈門公安局利用小三通定期航班，直接將逾期滯留台少通緝犯共五人押送上船，渠等於入境金門通關時因未持有出入境許可證，遭縣警局逮捕到案，如任其搭船返金之做法恐將威脅小三通船班旅客安全，如遇重大逃犯計畫脫逃或衍生挾持人質事件，後果將不堪設想。

另外，兩岸中轉後違反商標法案類屢見不鮮，今年一、二月治安單位分別查獲王進中攜帶偽造金門高粱酒防偽標籤六仟張；蔡金郎攜帶盜版遊戲光碟PS2一千二百餘片，渠等乃利用空運或以人員挾帶方式，企圖躲避機場X光機檢查。

除此，金門地處大陸的邊緣，而小三通來往頻繁，除了強化治安防範工作，衛生單位如何加強地區「小三通」碼頭與機場檢疫防疫工作，防範大陸有疑似感染病(如非典型肺炎)的入侵，免除民眾遭受感染，也是值得相關單位高度重視。