兩岸小三通上路兩年多來，為配合兩岸通航持續發展與需要，金門港務處依政府政策投入小三通相關港埠設施整建工程，目前，金門港三港區(料羅、水頭、九宮)之各項港埠設施建設及小三通工程均已積極展開中，除了水頭臨時通關中心等工程已完工，其餘陸續發包施建中，並可望儘快完竣啟用，以提供民眾更優質的服務。

港務處指出，地區自八十一年十一月解除戰地政務及開放觀光後，因相關建設及觀光之需求，從八十一年至八十八年間，料羅港的進港貨運量平均成長率高達9.45%，致原有的料羅港碼頭呈現擁擠的狀況，不敷實際所需。

港務處表示，為應港口營運需要，並達成地方建設發展的目標，縣府業向行政院爭取並獲核定「金門港埠整體規劃及未來發展計畫」，同時爭取「金門整體港埠建設計畫」補助經費，主要在改善料羅港、九宮碼頭設施及金門水頭商港建設，工程已全面推動中。

其中，「金門整體港埠建設計畫」｜

一、金門水頭商港建設計畫：

(一) 水頭商港西防波堤工程：興建水頭商港西防波堤600公尺，目前實際進度為72.78%，預定九十二年八月完工。

(二)水頭商港興建碼頭及浚填工程：浚深土方160萬立方公尺及興建兩座碼頭長240公尺，目前實際進度2.234%，超前1.198%，預定九十四年十月完工。

(三)水頭商港北防波堤工程：興建水頭商港北防波堤1580公尺，目前實際進度2.234%，超前約2%，預定九十四年七月完工。

(四)水頭商港興建工程範圍雷區排除工程：建港範圍內雷區排除案已完成吳稚暉亭至水頭村沿海區域；另水頭村至建功嶼以南區域，預定本年度發包施作。

二、料羅港港埠建設計畫

(一)金門港埠設施丹恩颱風災損修復工程：修復因丹恩颱風受損之料羅港北防波堤，並完成一號碼頭鋪面整建工程、導疊標工程、航道浚挖工程，本工程已提前完工使用。

(二)料羅港外廓防波堤增建工程：興建料羅港南外廓防波堤400公尺，以減少西南湧浪的侵襲，增加港池靜穩度，確保裝卸作業安全，目前實際進度39.88%，超前2.89%，預定九十三年七月完工。

三、九宮碼頭改善計畫

(一)九宮碼頭延建工程：延建九宮碼頭80公尺，提供1000噸級貨輪直接靠泊，減少轉運成本，降低民眾負擔，並區隔客、貨運區域，以保障旅客安全，本工程業已提前完工，正辦理驗收中。

(二)九宮碼頭鋪面改善暨新生地填築工程：改善現有九宮碼頭鋪面，並於現有九宮碼頭西側興建護岸並以港池浚挖土方填築新生地，以改善現有碼頭停車空間不足之問題，目前正辦理委託設計中。

至於，小三通相關整建工程包括有：

(一)水頭旅客通關服務中心暨聯合辦公大樓工程：興建水頭旅客服務中心及聯合辦公大樓(地上七樓、地下室一樓)，以配合未來小三通旅客通關需要，並提供中央駐金單位辦公及住宿之空間，目前實際進度23.77%，配合政策積極趕工中，預定九十二年十月完工。

(二)水頭客運浮動碼頭興建工程：為因應小三通旅客服務需要，並解決現有水頭浮動碼頭擁擠問題，目前已辦理委託設計招標中。

(三)水頭臨時通關中心工程：為小三通旅客水頭通關服務需要，減少民眾海上顛簸之苦，於兩個月內完成本工程，業已如期完工驗收啟用。

(四)水頭風雨走廊工程：本案為水頭臨時通關中心工程之配合工程，設計目標係為解決水頭旅客通關需要，並可提供小金門旅客候船休息之服務，目前已驗收啟用中。

(五)水頭停車場設施工程：興建水頭停車場設施，以提供民眾停車服務之需要，目前已驗收使用中。

其他相關工程如：

(一)水頭景觀燈工程：因應水頭夜間旅客服務需要並增加夜間景觀，裝設景觀燈六盞，提供水頭碼頭夜間照明服務，本案預計九十二年四月完成。

(二)水頭浮動碼頭遮雨棚工程：增設水頭浮動碼頭遮雨棚設施，已提供旅客上下船時遮蔽風雨之服務，目前已完成發包，預計九十二年六月底完工使用。

港務處表示，目前港務處相關工程均與地區建設發展及小三通關係密切，為配合政府之重大建設政策及落實服務民眾之理念，港務處均要求相關承商秉持「如期、如質、安全」之原則辦理所屬各項工程，目前相關工程都能如期完成，並期能以最短時間提供民眾最好的服務。