小三通試辦二年多以來，根據福建金門地方法院檢察署針對刑事案件增減的統計顯示，其中，走私案件大幅減少，但因走私毒品、大陸酒及高粱、小麥穀物有暴利可圖，卻有增加的趨勢，檢方正透過治安聯防體系密切注意中。而妨害公務案件略增，顯見警(海巡)民糾紛仍然存在。但以整體而言，刑事案件數量未增反減，可見整體治安狀況並未因小三通實施而呈現惡化現象。

福建金門地方法院檢察署就刑事案件增減所作統計指出，金馬地區實施小三通後，二年多來受理相關案件比較，八十九年一月一日至八十九年十二月三十一日受理刑事偵查案件六百八十七件，九十年同期受理五百九十八件(減百分之十二點九六)，九十一年受理六百一十九件(減百分之九點八九)，其中與小三通相關犯罪案件，走私：八十九年十九件，九十年四十七件(增百分之一四七點三六)，九十一年十二件(減百分之三十六點八五)。越界捕魚違反漁業法：八十九年十六件，九十年八件(減百分之五十)，九十一年七件(減百分之五十六點二五)，偽造文書：八十九年十六件，九十年二十六件(增百分之一六二點五)，九十一年四十五件(增百分之二八一點二五)，妨害公務：八十九年十三件，九十年十一件(減百分之十五點三九)，九十一年十七件(增百分之三十點七六)。

金門地檢署指出，經分析其中，走私案件大幅減少，係因懲治走私條例公告管制物品項目及其數額，於九十年十一月間，刪除運往大陸物資不再列為走私犯罪，且輸入部分，亦因管制項目減縮，致原屬走私犯罪之案件，現皆變成違反海關緝私條例之行政罰案件。的確部分已達成除罪化之目的。惟因走私毒品、大陸酒及高粱、小麥穀物有暴利可圖，最近有增加的趨勢，福建金門地方法院檢察署正透過治安聯防體系，密切注意中。而偽造文書案件大幅增加，係因偷渡客假道金門、馬祖，以偽造、變造身分證件赴(返)台人數增加所致。而妨害公務案件略增，顯見警(海巡)民糾紛仍然存在。但以整體而言，刑事案件數量未增反減，可見實施小三通二年以來，當地整體治安狀況，並未因而呈現惡化現象。

福建金門地方法院檢察署指出，金門馬祖與大陸地區相距最近僅十餘公里，因此實施小三通後，走私、越界捕魚、偷渡等違法行為，勢必與日俱增，為確保國家安全及維護社會治安，達成金門馬祖地區之犯罪防治業務，自九十年一月一日實施小三通後，為因應小三通治安問題，福建金門地方法院檢察署九十一年度執行小三通政策所採取的主要措施，包括設立「金馬地區治安聯防中心」、參與「地區安全協調會報」、成立「聯合緝毒小組」、參與海巡署「同心專案」會議及參加「鎮海專案」行動、每季參與由金門縣政府舉辦的「治安會報」、召開「檢警聯繫會報」、加強「港警所及航警所加強入出境管制」、請求疫檢所「定期抽檢當地農產品」，和針對小三通相關法令之管制進行宣導等。

金門地檢署指出，在設立「金馬地區治安聯防中心」方面，雖然小三通實施前，金門、馬祖地區在防區司令主持下，業設有「安全協調會報」，惟因該會報之定位，為各單位成果會報，非執行會報。不但法源上，防區司令無從指揮各檢警憲調海巡等司法機關，執行打擊犯罪之業務，且協調會報本身，因未設立執行任務編組，亦無法因應小三通之具體治安事件。基於一般司法案件之偵查指揮權責乃金門地檢署職掌，經於九十年十二月二十八日召開檢警聯繫會議時，金門地檢署即提案設立「金馬地區治安聯防中心」，本「情資分享、協同偵查」的理念，統合轄區檢察、警察、調查、憲兵、海巡、海關、機場航警等單位，建立情資聯繫管道，再依各單位職能分工，構建統合查緝機關之指揮系統，每月各單位提報當月重大治安情資予中心，再由主任檢察官召集各單位偵查小組就單位所蒐集之情資，作綜合分析研判後，再著手規劃查緝作為，審慎偵辦。併每季舉行擴大會報，由單位呈報查緝犯罪成果，進行檢討與策進。案經籌備後，自九十一年三月正式實施，先成立「金門地區治安聯防中心」，針對於地區走私集團、假金酒仿冒集團、盜採海砂破壞國土集團、官商勾結瀆職集團，及賄選樁腳、幽靈人口之網路，事先皆能充分掌握情資，嚴密監控。

金門地檢署並指出，由於治安聯防中心積極有效運作，於九十一年五月十三日檢調憲等聯手出擊，偵破小三通以來最大宗(黃金發)毒品走私案件，查獲高純度海洛英磚十八塊，達三千二百餘公克，價值三千萬元，六月一日偵破郭坤龍等運送毒品美沙冬五千一百四十五公克，六月十二日再破獲台籍男子周木春走私毒品海洛英二千三百四十公克，八月二十二日查獲陳興發運送三級毒品Ｋ他命六千四百六十五公克。另由於金門高粱酒為目前白酒系列中之極品，價格昂貴，銷路暢通，且金酒營收為金門縣政府極重要之財政收入，如被仿冒必對金門縣政府財政造成重大傷害，乃積極查緝，迄九十一年十月三十一日止，計查獲林玄堂等自大陸走私仿冒金門高粱酒等四件，共查扣走私仿冒金門高粱酒三千三百三十八瓶；又金門縣政府因對高粱、小麥實施高價之保價收購制度，如從大陸進口每公斤暴利約在三十元，經金門地檢署佈線查獲蔡國棟自大陸走私進口高粱一千二百公斤牟利，其他被鎖定農民，因見狀亦不敢再輕舉妄動。目前緝毒、查槍、金酒仿冒、大宗農產品走私，並已列為查緝重點工作。

金門地檢署指出，為防範大陸人蛇集團將大陸女子從金馬地區偷渡上岸後，持偽造身分證件中轉台灣本島，及黑道、犯罪組織之通緝犯持偽造證件，從台灣地區經金門、馬祖地區潛往大陸地區，或由大陸地區入境潛返台灣地區，地檢署特別要求金、馬海岸巡防總隊、航空警察局金門馬祖分駐所，加強機場及港口之出入境身分證辨識及通緝資料檢查，以嚇阻偷渡客、通緝犯等潛往(返)台灣地區，並已查獲甚多大陸偷渡客及台灣通緝犯。