入出境管理局今年六月初修正公布了「試辦金門馬祖與大陸地區通航人員入出境作業規定」，要求台商及其聘僱員工必須出具向大陸地區申報營業所得稅的結算書方能申請入出境證，以一道行政命令提高了台商經金門中轉的門檻，限縮了許可條件，台商們批評境管局這項決策模糊了角色，簡直將自己當成了對岸的「國家稅務局」，令人匪夷所思。

「試辦金門馬祖與大陸地區通航人員入出境作業規定」，今年六月五日修正施行，修正重點在第二點與第十點有關台商身分證明之相關規定。根據這項行政命令，台商的聘僱員工在申請進入大陸地區的「入出境證」時，必須出事「經濟部許可其雇主在大陸地區福建投資事業證明文件」，「台灣地區本公司派遣或福建分(子)公司之聘僱證明」，「最近一年大陸地區營業所得稅申報(結算)書」，「最近一年之扣繳憑單，或最近一個月完稅及薪資證明」。倘若未能繳附大陸地區營業所得稅申報(結算)書之公司或投資事業，境管局會將公司名單送經濟部投資審議委員會。

日前廈門市台商投資企業協會會長吳進忠一行來金參訪時，副會長羅憲德即痛批該項決策，認為境管局為了「查核」身分，竟不惜模糊其角色，扮演起大陸地區的「國家稅務局」，要求台商先向大陸繳稅才能透過中轉返台。副會長陳琰熀並指出，台商的證件申請並不能直接在金門辦理，還得由境管局金門服務站寄回台北進行「二級審批」再送回金門，行政效率其差無比。

吳進忠則表示，這個案子在台商協會與陸委會、海基會、經濟部、境管局等相關單位座談時，亦曾大聲疾呼希望中央儘速撤銷這些不必要的藩籬。不過吳進忠表示，當時包括海基會、經濟部、境管局都支持台商的看法，唯獨陸委會不同意。他認為，陸委會連自己贏在哪裡都搞不清楚，這種粗糙的決策品質與思維，根本與所謂「根留台灣」背道而馳，近期內將持續向陸委會施壓，希望情況能獲得改善。