針對部分人士擔心健保IC卡會侵犯個人的隱私權，中央健保局相當重視，曾多次與相關之社會團體及特殊病友團體溝通、協調，並已建立共識，健保局強調，目前健保IC卡與紙卡資料一樣，民眾隱私權安全無慮，健保IC卡預計明年年初全面上路，健保紙卡將配合廢除。

健保局指出，現在健保民眾已領取用的健保IC卡，所登錄的資料，都和紙卡一樣，只有姓名、身分證號及出生日期等，晶片裡面沒有個人就醫的明細資料，也沒有重大傷病的註記，所以請大家不必擔心隱私權被侵犯的問題。

且民眾可以選擇是否設定密碼，一旦設定密碼，必須民眾同意，輸入密碼解密，醫護人員才能讀取或寫入資料。將來健保IC卡如果要進一步登錄用藥或病名碼等，將會多方徵詢民眾、醫界及專家之意見，俟取得共識，再據以實施。健保局表示，對健保IC卡要登錄的資料，健保局將以社會公益為前提，並朝「民眾有選擇權」的方向規劃。此外，發行健保IC卡，有無法源之依據，社會各界，多所關切，其實，全民健康保險法第三十一條業已明文規定，本保險之醫療辦法，由主管機關擬訂，報請行政院核定後發布之。

依前述健保法之授權規定，由行政院核定發布之「全民健康保險醫療辦法」第三條亦已明文規定，保險對象就醫應繳驗「保險憑證」。原使用的健保紙卡與新發行的健保IC卡，都是「保險憑證」的一種。因此，中央健康保險局發行健保IC卡，分送保險對象，作為「保險憑證」，供其就醫使用，自是於法有據。





健保IC卡自九十二年七月一日開始全面雙軌上路，目前全國一萬七千多家健保特約醫療院所，已有一萬五千八百多家完成連線作業，各地使用健保IC卡就醫者，也超過一千五百多萬人次，上路四個多月以來，情況尚稱十分穩定，預計明年年初，即可全面使用，屆時健保紙卡，將配合廢除。