在公民投票方面，兩項公投案當中，金門地區的整體投票率都只有接近百分之二點五，投票率偏低，而烏坵鄉的小坵村更是兩案都掛零，沒有投下任何一票公投票。整個公投過程中唯一的瑕疵，就是金湖鎮有兩個投開票所，各有一張「已領未投」的票數。縣選委會主委張奇才表示，會將結果呈報中選會，並就投、開票過程進行檢討。

「強化國防」的公投第一案，金門縣全縣有投票權者四萬五千三百五十三人，共發出一千一百二十八張選票，投票率僅百分之二點四九。其中有效票一千零六十七票，無效票六十一票。

在有效票當中，投「同意」的票數九百三十九票，佔有效票數的百分之八十八。投「不同意」的票數一百二十八票，佔有效票數的百分之十二。

六鄉鎮當中，以烈嶼鄉的投票率最低，只有百分之一點零五；金湖鎮的投票率較高，有百分之三點零八。其中又以烏坵鄉的小坵村創下「零投票」的紀錄。

「對等談判」的公投第二案，全縣有投票權人數同樣是四萬五千三百五十三人，共發出一千一百二十八票，投票率僅百分之二點四九。其中有效票一千零五十九票，無效票六十九票。

在有效票數當中，投「同意」的票數九百七十二票，佔有效票數的百分之九十一點七八。投「不同意」的票數八十七票，佔有效票數的百分之八點二二。

六鄉鎮當中，仍以烈嶼鄉投票率最低，只有百分之一點零七。金湖鎮的投票率較高，有百分之三點零八。烏坵鄉的小坵村同樣是「零投票」的情形。

在整個公投的選務過程中，金湖鎮新湖里十一鄰至二十三鄰的第二十六投開票所，以及正義里的第二十七投開票所，各出現一張「已領未投」的選票，縣選委會主委張奇才表示，昨日晚間召開的委員會議已針對此項瑕疵提出檢討，研判可能是某位選民將公投票攜出了投開票所，選委會將把整個投開票情形呈報中選會，並持續針對缺失加強檢討與改進。