有關國防部裁撤國軍金門醫院的時程，縣府與議會均曾行文向國防部強烈表達在金門醫療水平無法與台省相同或島上尚有駐軍時，或縣立醫院改制為署立醫院未完成前，應暫緩裁撤的建議。不過，國防部軍醫局在回覆函中則表示，裁撤地區國軍醫院為國防部既定之精簡政策，衛生署已同意配合國軍「精進案」既定期程，整合澎湖、金門、馬祖等地區醫療資源，並規劃有關醫療服務所需醫療專業人力、費用將由「全民健康保險山地離島地區醫療給付效益提昇計畫」(IDS計畫)經費支應，並由該署台北及北區區域聯盟體系支援協助。

縣議會議長莊良時、議員蔡水游、董東漢、王再生、陳恩賜在本屆第十二次臨時會以臨時動議共同提案「建請縣府、議會聯合向國防部強烈表達花崗石醫院(國軍金門醫院)裁撤緩議案」，並建議在金門醫療水平無法與台省相同或島上尚有駐軍時，暫緩裁撤花崗石醫院。

他們在提案中指出，金門長期醫療設備不足，醫師來金駐診意願不高，造成地區醫療水平無法提升，讓鄉親的權益長期受到傷害，雖繳與台省同等的健保費，卻得到最差的醫療品質。另花崗石醫院在外島軍民的心目中長期扮演「消防隊」的角色，彌補縣立醫院不足的功能。且維持軍民關係和諧，沒有比醫療的貢獻來得親近貼切。

縣府行文國防部請暫緩裁撤本縣國軍金門醫院，俾維持離島地區居民就業權益函中也強烈表達縣民的心聲。縣府指出，離島地區醫療資源向來缺乏，尤其本縣每萬人口醫師數更位居全國最低位，不及全國平均數之半(每萬人口醫師僅七點三七人)，是以國軍金門醫院之裁撤，勢必將嚴重影響本縣縣民就醫權益，縣民定將面臨無處就醫之窘境，其中尤以洗腎者最為嚴重，爰此，國軍金門醫院之裁撤，宜俟金門縣立醫院改制為署立醫院完成後，並遵照立法院國防委員會之主決議辦理，暫緩實施。

國防部軍醫局在答覆函中雖表示對縣議會意見甚表重視，但也強調，裁撤地區國軍醫院為國防部既定之精簡政策，為減少裁撤對當地醫療之衝擊，行政院衛生署已函覆同意配合國軍「精進案」既定期程，整合澎湖、金門、馬祖等地區醫療資源。

並指出，衛生署現已規劃有關福建省金門縣、連江縣之醫療服務所需醫療專業人力、費用將由「全民健康保險山地離島地區醫療給付效益提昇計畫」(IDS計畫)經費支應，並由該署台北及北區區域聯盟體系支援協助。