第廿七條｜免稅商店及其存儲於專用保稅倉庫之保稅貨物，應每年由海關派員會同辦理一次年度盤存。其盤存得事先申請海關核准委由會計師辦理並簽證，海關得派員會同辦理。年度盤存之盤存日期距上年度盤存日期，最短不得少於十個月，最長不得超過十四個月。其有特殊情形，事先報經監管海關核准者，得酌予提前或延長。但海關認有必要時，得隨時予以盤存。前項盤存，事後發現錯誤時，得由免稅商店在該項貨物未動用前向海關申請複查，經海關查明屬實者准予更正。但逾盤存之翌日起二週申請者，不予受理。免稅商店應於盤存之翌日起兩個月內，根據上年度結算報告表，本年度盤存清冊、帳冊、進出口報單、移倉申請書及其他進出倉紀錄、報廢數等以電腦編製「結算報告表」一式兩份，送交監管海關審核。免稅商店年度盤存得申請海關核准實施不停工盤存或非上班時間盤存，其實施方式於免稅商店年度盤存作業規定中訂定。申請升上班時間盤存者，應依海關徵收規費規則徵收特別處理費。稅商店年度盤存作業規定，由海關訂定之。

第廿八條｜免稅商店依前條規定辦理盤存結果，如實際盤存數量與帳面結存數量不符時，依下列規定辦理：一、實際盤存數量少於帳面結存數量者，應敘明理由，並於接獲海關核發之補稅通知日起十日內，繕具報單補繳進口稅費。二、實際盤存數量多於帳面結存數量者，應敘明理由．報經監管海關查明原因核實准予更正或依相關規定處理。

第廿九條｜免稅商店有關之帳冊及編製之報表，應於年度盤存結案後，保存五年；其有關之憑證保存三年。前項有關之憑證，免稅商店得於盤存結案後報經監管海關核准，以微縮影片、磁帶或磁碟片等按序攝錄後依規定年限保存，其原始單證得予銷燬。但監管海關進行查案，須複印單證及有關文件時，免稅商店應負責提供，不得拒絕。

第卅條｜免稅商店自行停業或經廢止登記者，其保稅貨物依下列規定辦理：一、所有保稅貨物，應由海關封存或與免稅商店聯鎖於該商店之倉庫內，海關應不定期派員巡查，必要時得予保管。二、免稅商店應向監管海關洽訂或由監管海關逕予訂定盤存日期辦理結束盤存，如實際盤存數量與帳面結存數量不符時，依第二十八條規定辦理。三、經盤存之貨物，監管海關應即按結存數量發單課徵各項稅費。未能假前款規定辦理結束盤存者，海關得依帳面結存數量課徵各項稅費。

第卅一條｜免稅商店保稅貨物於存儲期間，遭受損失或損壞者，準用保稅倉庫設立及管理辦法第五十一條規定辦理，於災害事實終止之翌日起一週內報經海關查明屬實者，得核實除帳。免稅商店保稅貨物於存儲期間，因失竊而致短少，經向警察機關報案取得證明，報經監管海關查明屬實者，應自失竊之翌日起三個月內，接貨物進口(視同進口)時之價格與稅率補稅除帳。但失竊貨物尚在追查中者，監管海關得依納稅義務人之申請，准其繳納保證金，其在補稅期限屆滿之翌日起三個月內找回者，退還保證金，屆期即以保證金抵繳稅款結案。

第四章｜罰則

第卅二條｜免稅商店有下列情事之一者，海關得依關稅法第八十七條規定，予以警告並限期改正或處新臺幣六千元以上三萬元以下罰鍰，並得連續處罰，連續處罰三次仍未完成改正者，得停止其三個月以下貨物進儲：一、未依第十一條規定辦理換照者。二、未依第十七條第二項規定期限報經海關核備者。三、未依第二十七條規定辦理盤存者。四、未依第二十九條規定保存帳冊、報表或提供海關依法查案者。

第卅三條｜免稅商店有下列情事之一者，海關得依關稅法第八十七條規定，予以警告並限期改正或處新臺幣六千元以上三萬元以下罰鍰，並得連續處罰，連續處罰三次仍未完成改正者，得停止其三十日以下貨物進儲：一、未依第十五條規定指定專人辦理有關保稅事項並報經海關核備者。二、未依第二十四條規定填具售貨單辨理者。

第卅四條｜免稅商店有下列情事之一者，海關得依關稅法第八十七條規定，廢止其登記：一、喪失第九條規定免稅商店登記之條件者。二、事實上已停業者。三、財務狀況不良，已有不能清償債務之事實者。

第卅五條｜本辦法所定免稅商店依法應繳或補繳之稅費、滯納金，拒不繳納或保證金不足扣抵者，依關稅法第七十六條規定移送強制執行，並依限制欠稅人或欠稅營利事業負責人出境實施辦法規定辦理。

第五章｜附則

第卅六條｜本辦法自發布日施行。