經過金門泛藍陣營比對第十一任總統、副總統大選的選舉人名冊，發現有領票人姓名與所蓋的印章不符等情形，有疑義的個案共四十五件，但認為係選務疏失的可能性較高。

該項總統、副總統選舉人名冊閱覽比對工作，包括國民黨金門縣黨部主委林國平、親民黨、新黨志工等人均參與其中，經過兩天努力終於順利完成核對。根據藍營的統計，選舉人名冊上的疑義共有四十五件，並以領票人姓名與名冊上所蓋印章不相符較多，共有十一件。其次則是按捺指紋領票，卻沒有投票所管理員、監察員的蓋章、認證。根據藍營的統計，此次大選共有八百五十人以按捺指紋方式領取選票，其中有十件僅有選舉人的指紋，沒有選監人員的簽證。此外，簽章塗改者有十件，名冊上所蓋印章之印文模糊無法辨識者有七件，以臨時身分證領取選票者亦有七件。

國民黨金門縣黨部表示，閱覽過程中並未發現重大異狀，研判還是以選務人員行政疏失居多，相關情事已由工作人員抄錄，向中央黨部陳報，後續則將查訪當事人進行比對。