有關國軍金門醫院裁撤一案，立法院國防委員會做成決議要求暫緩，並研商配套方案，國防部與衛生署在研議後，日昨函覆縣籍立委吳成典表示，裁撤的政策方向不變，但時程將延至九十四年七月一日，軍醫院裁撤後金門所需之醫療專業人力、費用，則由「全民健康保險山地離島地區醫療給付效益提升計畫」經費支應，並由衛生署台北及北區區域聯盟體系支援協助。

立委吳成典、曹原彰於立法院第五會期中，曾提案要求國防部應依據國防委員會主決議執行，有關國軍金門醫院的裁撤應立即暫停，並在決議通過後三個月內，召開國防、衛環等聯席委員會進行協商，俟「金馬醫療達成目標之後再議」。

國防部與衛生署在研商後，日昨函覆吳成典表示，國軍「精進案」對軍醫組織調整規劃之政策，係考量兵力持續精簡、國防資源限制、全民健保實施及結合民間醫療資源等因素，政策方向並未改變。

但為減少裁撤後對金門、馬祖地區醫療資源之衝擊，國防部與衛生署協商後，考量外島地區衛生署醫療作業銜接準備時間不足，國軍金門醫院裁撤時間將調整為九十四年七月一日。衛生署並將配合國防部「精進案」期程，整合澎湖、金門、馬祖等地區醫療資源，負責當地醫療服務。有關金門、馬祖醫療服務所需之專業人力、費用，將由「全民健康保險山地離島地區醫療給付效益提升計畫」經費支應，並由衛生署台北及北區區域聯盟體系支援協助。

此外，依據衛生署五月七日召開的「金門縣醫療資源整合專案小組」第一次會議決議，金門地區九十四年度ＩＤＳ計畫如經競標無醫院願意承作，將由衛生署台北區域聯盟總院負責承接；國軍金門醫院裁撤後，原以公務預算購置之醫療裝備財產，如洗腎機等，國防部將於法令範圍內，配合衛生單位，檢討移轉署立(縣立)醫院，以維持當地醫療品質。有關籌建綜合醫院大樓乙事，衛生署已將金門縣政府籌建綜合醫院大樓所需補助經費列入「醫療網第五期計畫(草案)」規劃；有關綜合醫療大樓籌建事宜，應俟「醫療網第五期計畫(草案)」完成審議、預算編列及金門縣立醫院改隸屬立醫院完成法定程序後檢討辦理。