金門地區生態環境條件相當良好，提供鳥類、魚類等非常好的棲息環境，慈湖及其週邊環境生態豐富且具多樣性，亦為地區鳥類重要棲息地，除了每年冬天大批鸕鶿過境棲息，其他曾發現的鳥種將近二百種，其中更不乏多種保育鳥類種，生態資源非常豐富。所以必需徹底保護生態棲地場所，避免棲地環境造成破壞，金管處將配合國家公園警察隊對園區範圍之類似行為加強巡查，以避免地區生態環境遭受破壞。

金管處表示，金門氣候溫和，生態環境條件相當良好，已成為大陸東南沿海候鳥遷移繞經之地，全島湖泊、沿岸沙洲處處可見飛鳥成群，頗為壯觀。鳥類資源已成為金門野生脊椎動物中，種類最為壯觀的一群。近年來由於環保意識抬頭，以及地區關心生態保育人士大力倡導下，賞鳥已成為重要休閒活動項目之一。

金管處表示，慈湖於民國五十八年為戰備需要而圍海築堤形成之鹹水湖，除散佈有零星魚塭外，湖邊及湖中沙洲樹林是冬候鳥棲息處，其間生態環境條件良好，適合鳥類及潮間帶生物孳養生息，亦為極佳賞鳥地點。因而規劃為金門國家公園古寧頭區之特別景觀區，保護地區豐富之生態環境，此區域不僅是每年冬天鸕鶿棲息地，在其附近曾發現過的鳥種將近200種。另於慈湖豐富的鳥類資源中，計有赤腹鷹、魚鷹、黑面琵鷺：：：等十五種保育鳥類；另外因為慈湖是淡鹹水交接的濕地生態環境，所以魚種亦相當多，根據金管處研究調查發現在慈湖水系魚種有十八科二十四屬二十九種類之多，生態資源非常豐富。所以慈湖是個鳥類監測和環境保護必需徹底執行的生態棲地場所，也是一個發展鳥類資源生態旅遊的絕佳地點；另外金管處今年度針對古寧頭區及古崗區進行區域整體規劃，並就各區域之特性開拓地區資源，期望整合並凸顯地區域特色。

金管處指出，近來發現有民眾在慈湖湖體架設定置漁網捕捉魚類，該項行為將對慈湖水域之生態環境及景觀造成嚴重影響，為避免對鳥類、魚類棲地環境造成破壞，金管處將配合國家公園警察隊對園區範圍之類似行為加強巡查，以避免地區生態環境遭受破壞。