金馬地區戰地政務終止後，社會日趨開放，加以小三通之實施，金馬政經情勢的發展愈趨複雜，福建金門地方法院檢察署預期檢察業務質與量均會隨之加重，除將貫徹政府掃除黑金政策，檢肅貪瀆，澄清吏治，也將著手防制走私，加強檢肅毒品，重視犯罪嫌疑人及被害人權益，執行提昇檢察機關公信力暨建立親民形象，並加強兒童及少年性交易防制工作與鄉鎮調解業務，及執行選舉查察職務等努力。

福建金門地方法院檢察署在一項就偵查案件收結及罪名分析統計，可以了解各類犯罪案件的比率及犯罪類型成長與消褪的原因。

在八十八年度金門地檢署受理案件總計為七百二十四件，其中新收案件六百六十九件、舊收案件五十五件。其中，起訴案件三百四十件、不起訴案件二百九十二件，他結四十六件。而新收案件在罪名分析上，其中，傷害一百二十件、賭博二十一件、走私四十二件、竊盜四十五件、偽造文書二十三件、妨害公務十六件、公共危險五十八件、恐嚇八件、違反毒品危害防制條例七十五件、妨害風化六件、貪瀆八件、國安法二十六件、違反漁業法一件、兩岸條例八件、其他二百一十二件。

在八十九年度金門地檢署受理案件總計為六百七十六件，其中新收案件五百七十件，舊收案件四十六件。其中，起訴三百零九件、不起訴案件二百三十九件，他結二十八件。而新收案件在罪名分析上，其中，傷害九十八件、賭博十件、走私二十四件、竊盜五十五件、偽造文書二十三件、妨害公務十八件、公共危險九十一件、恐嚇十五件、違反毒品危害防制條例八十四件、妨害風化八件、貪瀆五件、國安法八件、違反漁業法十三件、兩岸條例二十四件、其他一百五十四件。

在九十年度金門地檢署受理案件總計為八百一十九件，其中新收案件七百一十九件，舊收案件一百件。其中，起訴三百八十七件、不起訴二百九十九件，他結五十件。而新收案件在罪名分析上，其中，傷害一百一十五件、賭博十五件、走私四十七件、竊盜五十九件、偽造文書三十五件、妨害公務十四件、公共危險七十八件、恐嚇九件、違反毒品危害防制條例七十八件、妨害風化十件、貪瀆九件、國安法十件、違反漁業法八件、兩岸條例二十二件、其他二百一十件。

在九十一年度金門地檢署受理案件總計為八百五十四件，其中新收案件七百七十一件，舊收案件八十三件。其中，起訴四百七十件、緩起訴三十五件、不起訴二百三十二件，他結六十八件。而新收案件在罪名分析上，其中，傷害一百二十九件、賭博六件、走私三十七件、竊盜五十七件、偽造文書五十九件、妨害公務二十件、公共危險七十三件、恐嚇十一件、違反毒品危害防制條例二十七件、妨害風化十件、貪瀆十四件、國安法三十二件、違反漁業法九件、兩岸條例三十五件、其他二百五十二件。

在九十二年度金門地檢署受理案件總計為七百四十四件，其中新收案件六百九十五件，舊收案件四十九件。其中，起訴二百九十六件、緩起訴一百四十五件、不起訴二百零九件，他結六十五件。而新收案件在罪名分析上，其中，傷害七十九件、賭博二件、走私十一件、竊盜七十五件、偽造文書六十七件、妨害公務十二件、公共危險一百零七件、恐嚇十一件、違反毒品危害防制條例三十八件、妨害風化七件、貪瀆十四件、國安法四十八件、違反漁業法九件、兩岸條例十二件、其他二百零三件。

在九十三年度一至九月份金門地檢署受理案件總計為五百七十四件，其中新收案件五百四十六件，舊收案件二十八件。其中，起訴二百零四件、緩起訴一百七十一件、不起訴九十七件，他結六十三件。而新收案件在罪名分析上，其中，傷害五十四件、賭博六件、走私十五件、竊盜三十七件、偽造文書五十件、妨害公務七件、公共危險一百一十七件、恐嚇三件、違反毒品危害防制條例四十五件、妨害風化十二件、貪瀆四件、國安法六十三件、違反漁業法七件、兩岸條例六件、其他一百二十件。