據金門港務處一項進出口貨物數量統計，「小三通」上路以來，自九十年起截至今年十一月為止，由大陸「進口」到金門的石材、什貨總數量高達五十二萬六千二百九十九噸；而由金門「出口」到大陸金酒、什貨總數量僅有區區一千五百九十噸；兩地進、出口貨物數量不成比例，呈現嚴重「失衡」與「單向」的發展。

「小三通」實施三年多來，金門與大陸的貨物往來日益頻繁熱絡，不過，由金門港務處一項進出口貨物數量統計，兩地貨物進、口數量，出現明顯落差，相較大陸進口到金門貨物達五十二萬六千二百九十九噸、金門出口到大陸貨物僅有一千五百九十噸，兩者之間差距之大，簡直是小巫見大巫，不能相提並論。

港務處「小三通」進出口貨物數量統計，由大陸進口到金門貨物包括有碎石、石材、河沙及什貨，進口數量：

九十年｜碎石一千七百三十九噸、石材三千九百一十九噸、河沙一萬零二百三十噸；什貨八百四十噸。

九十一年｜碎石七千三百零九噸點三二、石材七千六百三十九噸點三九、河沙四萬一千七百四十三噸點三五、什貨二千八百二十三噸點零八。

九十二年｜碎石七萬八千七百五十噸點六五、石材二萬零四百四十五噸點三一、河沙四萬六千四百七十四噸點八四、什貨五千三百七十噸點五六。

九十三年｜碎石十八萬八千一百廿三噸點五九、石材二萬二千二百六十二噸點九六、河沙七萬八千四百八十二噸點九七、什貨一萬一百四十四噸點九七。

由金門出口到大陸貨物只有「金酒」「什貨」兩項：

九十一年｜金酒五百噸點三一、什貨二百五十二噸點一四。

九十二年｜金酒三百廿二噸點六八、什貨一百九十噸點五四。

九十三年｜金酒二百五十七噸點三七、什貨六十七噸點五三。

由資料顯示，「小三通」進出口貨物航次，也由九十年廿三航次、九十一年一百一十六航次、九十二年一百九十七航次，增加至今年三百四十八航次，總計六百八十四航次。而兩地進、出口貨物數量不成比例，除凸顯經濟發展課題，也考驗相關單位智慧。