監察院昨以小三通實施近四年定位不明、執行成效不佳、申辦程序繁瑣、軟硬體設備不足、未能開放人貨中轉、中央政策目標保守，對金門的經濟發展和建設沒有很大的助益、兩岸載人貨地下行業猖獗活躍，食品衛生檢查工作無法落實執行，嚴重影響食品安全及消費者權益等為由，通過提案糾正行政院。

監察院昨於內政及少數民族、財政及經濟、交通及採購三委員會聯席會議，會中通過李伸一、趙榮耀委員之糾正行政院案。案由為政府實施小三通政策將屆四年，由於定位不明，規劃目標無法達成，執行成效不佳；經濟部公告擴大開放准許金門、馬祖地區輸入大陸物品項目及免稅進口物品項目，未能切合金馬當地民眾需求，民生必須物品走私情形仍然嚴重，小額交易風氣依然盛行；台商生產所需原料無法經由小三通途徑進入大陸地區，以致兩岸載人貨的地下行業猖獗活躍，且食品衛生檢查工作無法落實執行，嚴重影響食品安全及消費者權益；行政院暨相關部會執行「小三通」業務洵有疏失。已函請行政院轉飭所屬，切實檢討並依法妥處見復。

而根據糾正案文指出：小三通實施將屆４年，由於中國大陸堅持以接受「一個中國」原則及「九二共識」做為恢復兩岸正式協商的前提，以致兩岸迄今尚無法恢復協商，其「增進兩岸良性互動，改善兩岸關係」之規劃目標尚難以達成；且據金門縣政府答復監察院時指陳：「小三通規劃之目標，係為『改善生活品質、增進居民福利』，但實施將近４年，縣民所得並未明顯提升，九十二年縣民所得為台灣人民的百分之六十七點五六」，所揭示「促進金馬地區的建設與發展」之指標仍然落空。

且依據銘傳大學針對實施「金廈小三通政策」二週年所作民意調查顯示，金門民眾針對開放「小三通」二年來打了五十八點六分不及格的分數；該校復於小三通實施三週年再次民意調查結果，金門民眾對這項政策更僅給了五十六點六分，不但不及格而且不增反減，顯見金門地區民眾對小三通之失望。根據分析，金廈小三通政策因申辦程序繁瑣、軟硬體設備不足、未能開放人貨中轉、中央政策目標保守，以及對金門的經濟發展和建設沒有很大的助益所致，職此，政府實施小三通政策將屆４年，由於定位不明，規劃目標仍無法達成，執行成效不佳，亟須檢討改善。

而糾正案文也指出：有關輸入之食品於港埠之查驗工作，金、馬地區衛生單位雖不定期稽查市售大陸食品之標示，並抽樣食品及蔬果送藥物食品檢驗局檢驗，衛生署中醫藥委員會亦查緝不法藥品等，對於食品衛生檢查工作，已逐漸步上正軌。財團法人中華民國消費者文教基金會於九十三年六月十七日、十八日及七月二十三日，直接於金門地區的消費市場購買，共計購得六大類，三十五件樣品。資料顯示「乾貨類食品比生鮮食品不合規定之比率為高」，而乾貨食品因得以攜回臺灣本島，對於遊客權益及健康影響更深，況衛生署於本院約詢時坦承「食品由大陸中轉(走私)至臺灣之案例，應該是有」，顯現其問題之嚴重，相關主管機關無法嚴格執行食品衛生檢查工作，顯有疏失之處。