旅台金馬鄉親在「試辦金門馬祖與大陸地區通航實施辦法」修法之前，陸委會已同意先以「團進團出」的方式辦理進出大陸；俟修法之後，再比照在地鄉親模式辦理。

根據馬祖立委曹原彰表示，陸委會本應立可開放旅台鄉親個人申請，但因「試辦金門馬祖與大陸地區通航實施辦法」第10條之1規定：「在金門、馬祖出生之台灣地區人民，參與赴大陸地區之團體交流活動者，但其人數不得逾全體人數2分之1」。在本條文尚未修正為旅居台灣金馬鄉親亦可比住在地鄉親照辦理前的過渡時期，將先以團進團出方式處理，修法之後，旅台鄉親將跟居住金馬鄉親一樣的申請進出。

曹原彰指出，凡旅台鄉親即日起就可專案向境管局申請，甚至包括同行配偶、直系親屬、二親等旁系血親及其配偶也都可辦理。