「清金門鎮總兵署」因著法令修訂與新史料出現，將有機會重新評定古蹟等級提升。而在去年十月中旬總兵署史料館也對外開放參觀，見證著總兵署的歷史演進。

清金門鎮總兵署列為國家三級古蹟，目前仍由金門縣政府民政局為業管單位，但隨著金門縣政府組織修編和調整，古蹟業務將回歸由金門縣文化局主管。

位於金城北門里浯江街五十三號的「總兵署」，在行政院處理試辦兩岸通航事務時，並在民國八十九年十二月二十六日一度做為金門行政協調中心，當時行政院長張俊雄並前來主持掛牌儀式，象徵歷史性的「小三通」啟航。

總兵署原址相傳是明朝萬曆年間「會元傳臚」許獬讀書的地方，名為「叢青軒」。清康熙年間，金門鎮總兵署陳龍，以金門所城稍圮，人煙稀少，地勢轉變，繫舟不穩，而后浦人丁旺盛，海道深穩，於是在康熙二十一年(1682年)，將總兵署從金門城遷至後浦，就「叢青軒」加以改建。

至道光同治間，總兵署「中建正堂東西夾室，西藏王命書籍等項。東貯餉庫，翼以將軍裨官廳。面即案牘祠，下闢甬道，兩廊列吏、戶、禮、兵、刑、工及本稿諸房，儀門外是土地祠和材官廳。大門外為旗廳，左右蓋鼓吹亭，南開轅門，環以木柵，轅門之外，西為左營防汛廳，東為右營防汛廳。」，形制極為完整。

民國以後，總兵署先後做為縣公署、金門防衛司令部、福建省政府、金門戰地政務委員會辦公處所，民國八十四年，最後使用的縣警局和臨時縣議會遷出之後，開始進行規劃整修，使得這座台閩地區格局保存最完善的總兵衙署，原貌得以修復。

現存的總兵署，為四進兩廊式的四合院建築，前有寬敞的廣場，民間習稱為「衙門口」。院內兩株樹齡超過百年的老榕樹遮蔭，庭院深邃，雖已非衙門，卻仍有昔日衙署那股凜然的肅氣，後院那棵參天樹齡也早已超過百年的木棉古樹，每屆春末夏初，滿樹鮮艷的木棉花，遠近可見。後浦清金門鎮總兵署建成後，從此之後三百餘年，它是金門最高行政機關所在地，歷明、清而民國，具有其特殊的歷史和建築價值性、意義性，民國八十年十一月二十三日經內政部公告為台閩地區第三級古蹟。