金馬地區自九十年一月二日試辦「小三通」以來，到底治安是否有無惡化現象？根據福建金門地方法院檢察署的案件數據統計顯示，與小三通有關的案件，這四年來每年平均案件在二百一十二件左右，金門地區的治安並未因實施小三通而出現惡化的現象，犯罪類型也無較特殊的變化。

金門地檢署反倒是較擔心開放大陸人民來金觀光，隨著大批未經過濾的對岸人民進入金門地區，則可以預見治安多少會受到負面的影響。

金門地區因客觀環境特殊，在解除戰地政務並試辦小三通後，由於執法單位眾多，各有職掌，反造成治安漏洞，甚或互相踩線，造成司法資源浪費。金門地檢署有鑑於此，經於九十二年提出「縱式個案指揮」的辦案模式，由該署主任檢察官負責整合各單位之情資，以達「情資互通、資源共享、職能分工」的目的。

金門地檢署檢察長蔡瑞宗就指出，金馬地區自九十年一月一日試辦「小三通」以來，已屆四年，在這四年當中，該署每月平均受理件數，分別為九十年的五十九點九件，九十一年六十四點五件，九十二年五十七點九件，九十三年一月至十月平均為五十九點七件，除了九十一年稍有增加外，大致維持在六十人左右，足見金門地區之治安並未因實施小三通而出現惡化之現象；另外犯罪類型部分，由各單位呈報之數據顯示，也無特殊之變化。

根據金門地檢署就小三通後偵查案件的統計比較顯示，與小三通有關之案件，在走私部分，九十年度四十七件、九十一年度三十七件、九十二年度十一件、九十三年度一至十月份十五件；在違反毒品防制條例部分，九十年度七十八件、九十一年度二十七件、九十二年度三十八件、九十三年度一至十月份五十八件；在漁業法部分，九十年度八件、九十一、九十二年度各九件、九十三年度一至十月份七件；在違反國安法部分，九十年度十件、九十一年度三十二件、九十二年度四十八件、九十三年度一至十月份六十九件；在偽造文書部分，九十年度三十五件、九十一年度五十九件、九十二年度六十七件、九十三年度一至十月份五十三件；在違反兩岸關係條例部分，九十年度二十二件、九十一年度三十五件、九十二年度十二件、九十三年度一至十月份九件；在妨害公務部分，九十年度十四件、九十一年度二十件、九十二年度十二件、九十三年度一至十月份八件。

至於與小三通有關之案件，九十年度合計二百一十四件、九十一年度合計二百一十九件、九十二年度合計一百九十七件、九十三年度一至十月份合計二百一十九件。而與小三通無關之案件，九十年度五百零五件、九十一年度五百五十二件、九十二年度四百九十八件、九十三年度一至十月份三百七十八件。

金門地檢署指出，金門地區民風純樸，重大危害治安事件甚少，惟因地理環境特殊，與大陸僅一水之隔，近在咫尺，加上小三通的實施，國軍精實方案的推動，海巡、岸巡及警力無法即時遞補的空窗，以致偷渡事件與走私案件仍然時有所聞，其中非法走私小額農漁產品上岸的問題，雖然所涉及的刑責不重，惟其背後可能隱藏的夾帶運毒或走私槍械等問題，更是一直困擾著執法單位。

雖然金門地檢署一再呼籲政府有關單位應在政策上考慮如何讓小額貿易合理的合法化，以利統一管理，藉以消滅走私之誘因，惟迄今仍未見政策上有改弦更張或積極突破的作法。為此，金門地檢署站在執法機關的立場，如何防範走私農漁產品夾帶槍、毒等違禁品進入金門地區，並防堵中轉台灣，仍是司法機關必須面對的挑戰。

至於針對地區的特性，金門地檢署也將就未來偷渡走私之聯防機制，協調各執法單位，研擬防杜之道，期在大家通力合作，不要讓金門成為人蛇偷渡、走私的跳板。而有關大陸地區開放人民前來金門觀光的重大政策改變，隨著將有大批未經過濾的大陸人民進入金門地區，可預見的是金門地區治安多少會受到負面的影響，如何未雨綢繆，即早作好因應之道，也有賴檢警調等機關集思廣益。