隨著家庭觀念改變，家庭功能式微，婚姻關係漸弱，因而產生出許多兒童照顧問題，甚至兒童虐待暴力事件相繼發生。為有效落實推展兒童福利及保護服務工作，目前本縣已實施多項兒童福利服務及保護措施，來關懷兒童身心發展，妥善照顧幼兒福利。

本縣目前重要的兒童福利服務及保護業務，包括有十五項，(一)收容就養：由本縣大同之家收容孤苦無依之少年兒童，現收容二十六人。(二)免費托兒：從民國八十八年九月份於烈嶼地區試辦公立免費托兒業務，至九十三年九月共受益兒童計三八０人。(三)家庭寄養：凡本縣因故無法生活於其家庭之兒童、少年，未達大同之家收容年齡或經評估家庭寄養對其處置較佳者，辦理家庭寄養(九十三年核定二案)。(四)辦理收養及監護權訪視：依法對收養及監護權案件進行家庭訪視，俾供法院做為裁判之參考。(五)輔導托兒所申請立案：輔導本縣未立案私立育英托兒所完成立案程序，(已於八十八年八月十八日核發立案證書)，並持續輔導未立案之私立托兒所、安親班完成立案程序。(六)低收入戶親職教育外展服務：委託金門家扶中心辦理經常性之親訪及電話問安，以關懷低收入戶家庭，落實低收入戶家庭之生活經濟補助，強化家長親職角色，協助單親家庭生活，激發開拓潛能，創造祥和社會。(七)設置緊急庇護(短期)收容中心一處，提供本縣兒童少年遭遇緊急事故保護、安置。(八)依法成立發展遲緩兒童早期療育推動委員會及通報轉介中心，結合社政、衛生、教育等相關單位規劃並推行各項療育服務及福利措施，以減輕家庭及社會負擔。(九)目前本縣兒童少年享有的福利包括：免費就讀幼稚園、全縣中小學學生免費營養午餐、免費搭船、搭公車、醫療費用免自付額負擔(除了健保不給付及伙食費項目自付外)。(十)發放幼兒教育券，依據行政院核定之「發放幼兒教育券實施方案」之規定，補助滿五足歲之幼童，實際就讀(托)於已立案私立幼稚園、托兒所或其他合法托育機構，每人每學期可補助五仟元，實際受益人數為一四七人，補助款項新台幣七十三萬五仟元。(十一)設立全國性一一三婦幼保護專線，在最短時間內提供危機介入及緊急協助、結合相關單位，及專業人員提供各項諮詢與服務諮商，以期減少危機傷害的發生，提供更安全更無慮的生活空間。(十二)持續辦理「兒童福利專業人員訓練」，提昇本縣兒童福利專業人員專業知識及技能，暢通進修管道，引導本縣兒童福利朝向專業化領域發展。(十三)持續加強關懷照顧弱勢兒童、辦理「低收入戶暨弱勢兒童醫療補助」。(十四)設立本縣「早期療育聯合服務中心」，由縣府將提供建築物及早期療育相關設施設備，採公辦民營方式，委託瑪利亞社會福利基金會承辦，提供本縣發展遲緩兒童早期療育相關服務。(十五)設立本縣「兒童及少年福利服務中心」，落實本縣兒童及少年福利服務業務之推展與執行，以確保兒童及少年福祉。