榮湖等水庫含有「總三鹵甲烷」，是因為原水帶著「原罪」。淨水廠雖然可以控制加氯的量，卻無法去除溴的存在，因此還是有產生「總三鹵甲烷」的可能。要改善水質，只有透過「高級處理」。目前已規劃在海淡廠興建相關設備，順利的話，可在民國九十八年向全縣供水。在此之前，則必須多設立定點供水站，並朝向飲水和用水分離。

去年(九十三年)，全金門只有榮湖被檢出「總三鹵甲烷」有不合標準的情況；金門自來水廠昨天派員到金沙鎮代表會進行水質現況報告，並說明今後改善的目標。

根據自來水廠的報告，榮湖等湖庫的集水區內有生活污水、畜牧污水、農田沖刷等各種污染，造成水質優氧化，並導致總有機碳、總溶解固體、氯鹽及氨氮濃度偏高。

水中的碳會與氯或溴化合成為「總三鹵甲烷」(包括：三氯甲烷、二氯一溴甲烷、一氯二溴甲烷、三溴甲烷)；總三鹵甲烷是致癌物質。

目前，榮湖淨水廠的淨水程序包括曝氣、前加氯、混凝、浮除或沈澱、快濾、慢濾、後加氯消毒等七個單元。比臺灣地區多了浮除和慢濾兩道手續，因為金門的原水較髒。

這七個單元，對水中的總溶解固體和氯鹽是無法處理的，但這兩種東西只會影響口感，不會影響健康。

總三鹵甲烷不是只有榮湖才有，根據自來水廠的報告，要改善金門地區的水質，必須增設「高級處理」單元，如此才能使總溶解固體、氯鹽、氨氮等難以處理的污染物達到合格的標準，也才能有效降低總三鹵甲烷。

「高級處理工程」已經在規劃當中，即將發包進行模廠試驗；經試驗完成並開始施工後，預定九十八年可以完成供水，對象是全縣各地區。「高級處理」將利用太湖海淡廠的場地擴大增設。

除了高級處理之外，改善金門水資源的策略還包括從境外引進足量且質佳的水。此外，金門自來水廠也應該由台灣自來水公司接手，就好像當初金電併入台電一樣。不過，這些都必須由中央政策同意；多年來，金門縣政府持續努力中，但尚未有佳音。