在民國三十九年間被國軍拆除，取用石材建築堡壘和雷達觀測所，名列金門五大古寺之一的古區「太文巖寺」，於古區村民和金門各界倡議復建，並在沈寂多年後，昨天，金門縣長李炷烽也和相關部門主管及地方長老進行現地探勘和座談，並達成先整地釐清廟址範圍，並積極籌組成立重建籌委會和籌募重建基金管理委員會，以及著手積極規劃共識，期能在民國九十五年一月份動工重建，二年後恢復古寺舊觀。

清水祖師廟及燕南山書院復建工程探勘及座談會，昨日上午十時二十分起在古區村舉行，包括金門縣長李炷烽、金門縣文化局長李錫隆、工務局長陳家欣、研考室主任陳朝金、金城鎮長蔡輝詩、前鎮長許金象、金城鎮民代表會主席陳天成、賢庵里里長盧志嶢、重建緣起起草古區陳氏宗親會理事長陳永明、古區村長老等，並共同前往現地探勘，以及在燕南山社區活動中心進行座談。

縣長李炷烽表示，清水祖師廟及燕南山書院復建工程是地方大事，希望在大家共同努力下，能在一年內讓地方重要信仰完成規劃並動工重建。而目前並應先著手整地，將髒亂予以清除，以釐清廟址基地範圍。並拜託文化局和文史工作者黃振良、葉鈞培，有機會到大陸泉州安溪，能搜集有關清水祖師廟和神像規格型制，以供重建參考。文化局並能先規劃向中央爭取補助重建經費，不然再發動民間募款。對於曾在金門當過檢察長，目前是大法官的王和雄，也相當熱心清水祖師廟的復建，並將寫信邀其做為重建籌委會成員。

李炷烽並指示工務局和養工所，在四月十八日即積極進行現地的整地和雜亂清除，並注意現場可保留的樹予加以保留維護。而營區廢棄的軍事設施，並向軍方爭取加以保留。工務局長陳家欣對於廟宇的聯外道路狹窄，並同意在一至二百公尺路段，設法做拓寬的車輛閃避路段，並在四月十八日即積極著手進行現場整地、清除雜亂作業。

古區陳氏宗親會理事長陳永明則代表村民，感謝縣長和各界對清水祖師廟和燕南山書院復建的大力支持，並希望籌組成立重建籌委會和籌募重建基金管理委員會人選趕快敲定和運作推動。

大力倡議清水祖師廟和燕南山書院復建的金門愛心慈善基金會董事長許金龍，對於重建工程一定能做得成功充滿信心，並樂觀其成，和希望有更多鄉親來贊助、支持重建經費。

金門縣文化局指出，清水祖師廟及燕南山書院復建工程，土地由古區陳氏宗親會釋放提供使用，並依實例地方宗親需自籌經費補助，同時成立經營管理協會擬定復建後經營管理辦法；軍方並應配合復建工作准予人車通行。而目前金門縣文化局並已向行政院文建會提出新台幣四千五百萬元補助款初審通過，文建會正進行複審作業。同時，金門縣文化局並編列追加預算新台幣一百萬元，作為復建研究規劃報告書經費。至於復建工程並希望預定在九十五年一月一日動工，並在九十六年十二月三十一日完工。

古區「太文巖寺」始建於明朝末年，曾是金門五大古寺之一，民國三十九年間被國軍拆除，取用石材建築堡壘和雷達觀測所，地方父老要求重建聲浪高漲，並在民國八十七年即積極正式發起和宣告重建的推動作業。

根據縣誌記載，太文巖寺始建於明朝末年，原為三進的大殿堂，清時第三進曾闢為「燕南書院」，對教化人心甚多貢獻，並與海印寺、田浦城隍廟、庵前恩主公廟和金城南門香蓮廟合稱浯洲五大名廟，民國十六年曾重新翻建，歷時二年餘才完工。

民國三十九年間，國軍進駐之後，以太文巖寺地勢險要，為構築防禦工事，將廟宇拆毀，就地取用石條、磚塊和木材，在前兩進建築堡壘和彈藥庫，而「燕南書院」舊址亦構築雷達觀測所，「黑面祖師」則被村民暫厝於村內「回龍宮」供奉迄今。每年農曆正月初六日為清水祖師誕辰之日。