名列金門五大古寺之一的古區「太文巖寺」，在倡議復建過程走來有幾許艱辛，儘管早在民國八十五年就進行考證作業，但直到民國八十七年才真正發起重建籌倡呼聲，但之後就沈寂了多年，一方面是古區村落小，村民保守；再者，就是重建籌委會一直未真正成立推動。

為古區村民和地方各界樂見的清水祖師廟及燕南山書院復建工程，金門縣長李炷烽相當關心，昨天就親自前往探勘和與村民座談，並特別前往村內的「回龍宮」拈香，希望奉祀的溫、蘇、金王爺，以及暫厝在內的清水祖師保佑，讓復建工程能順利規劃推動，並如期重建完工。

談起「太文巖寺」，它始建於明朝末年，曾是金門五大古寺之一，民國三十九年間被國軍拆除，取用石材建築堡壘和雷達觀測所，地方父老要求重建聲浪高漲，並在民國八十七年即積極正式發起和宣告重建的推動作業。

而根據縣誌記載，太文巖寺始建於明朝末年，原為三進的大殿堂，清時第三進曾闢為「燕南書院」，對教化人心甚多貢獻，並與海印寺、田浦城隍廟、庵前恩主公廟和金城南門香蓮廟合稱浯洲五大名廟，民國十六年曾重新翻建，歷時二年餘才完工。而民國三十九年間，國軍進駐之後，以太文巖寺地勢險要，為構築防禦工事，將廟宇拆毀，就地取用石條、磚塊和木材，在前兩進建築堡壘和彈藥庫，而「燕南書院」舊址亦構築雷達觀測所，「黑面祖師」則被村民暫厝於村內「回龍宮」供奉迄今。每年農曆正月初六日為清水祖師誕辰之日。地方父老並在民國八十七年間發起籌備成立重建委員會，陳情國防部、金防部編列預算賠償損失，以為保境安民信仰中心和旅遊新景點。

太文巖寺，又稱文山寺、燕南宮、岩龍宮…，為浯島五大古寺之一，位於舊金城北郊外半里處，古區村後屏「太文山」頂峰─俗稱燕南山，或岩龍山、岩仔山，與太武山遙對，海上望之，如玉柱雙擎。於明朝時建，奉祀清水真人(稱清水祖師、黑面祖師，或祖師公)。清水真人本名昭應，陳姓字普足(定)，係北宋京都河南開封祥符縣人，其祖上宗廉思公於宋太祖乾德二年(公元九六四年)任廣海軍節度使，加檢校太傅，征契丹胡虜，功封護國軍節度，歷封疆鎮土，勤政崇信，以忠孝教國為本，治軍訓民，以教化啟迪民智。迄至宋真宗時世紛亂，族人南渡臨安(杭州)，投忠武軍南征北戰，功忠漢室，複移閩之泉州安溪。

宋仁宗慶曆四年(公元一○四四年)正月初六日，清水祖師誕生於永春小姑鄉。兒時墾田牧羊，持齋誦經；稍長，往大靜山遂築室蓬萊山，隱居清水巖─相傳即「清水祖師」尊稱之由來也。清水祖師皈依佛門，得明松禪師授衣缽，裝著佛徒僧服，周遊閩越勸化，啟發漢族精神文化，歿後得道以聖成神，屢著靈聖，族人曾引眾從朱元璋滅元有功，明太祖追念敕封為「護國公」，賜香田，詔命於福建省安溪縣清水巖建立祠堂崇祀。

明末胡兒入寇，鄭成功舉義閩南，率眾以金門為反清復明根據地，部屬安溪人頗眾殖此土，尊崇靈聖，乃於太文山頂峰建「太文巖寺」。崇奉木雕祖師公香像，南北舟楫(子)登臨膜拜者眾，以「守漢節復明」之志，驅凶制煞，以保境安民。香火鼎盛不斷，神甚靈赫，有祈多驗；亦為航海地標，以渡迷津。至清光緒己卯年(公元一八七九年)重建，為座南朝北三進燕尾脊殿宇，寺之前一、二進面北，遙對太武山，與海印寺相輝映，二進大堂奉清水祖師(土塑高四尺餘、長案桌另供木雕神像高二尺餘)。三進朝南，闢為勸化訓民之所，俗稱「燕南宮」，又稱燕南院或燕南書院(並據古區長老引述，該村鄉賢陳昌文，字清時，號伯武，俗稱「陳刑科」，明天啟壬戌(公元一六二二年)進士，任廣西平樂推官，治尚寬和，清、慎、勤、廉靜剛平，敕封吏部天官，攜眷返鄉，年三十四，曾設館燕南宮啟迪民智)。村民特在古區村入口處建「天官府」寺廟，內高懸「吏部天官」匾，奉祀香像紀念。

但由於年久失修而部份傾圯，於民國十六年(公元一九二七年)春，經古區鄉紳長老陳伯再、陳永標、陳永念、陳永義、陳永全、陳世永：：：等，發起鳩資翻建，歷時二載餘竣工，殿寺景象莊嚴壯麗，時為浯島諸寺廟之冠，並於民國十八年十月間奠安，歡慶盛典，為空前之盛。迨至民國三十八年(公元一九四九年)秋大陸沉淪，國軍由大陸轉進駐防金門，登峰駐紮其寺，以地處台峰(傳述較太武山海印寺略高三尺)，居高臨下，地勢險要，為構築防禦工事，乃於民國三十九年初(公元一九五○年)將該寺拆毀，就地取材將石條、磚塊、木材及寺前埕石材等在前兩進寺址建築堡壘及彈藥庫駐軍鎮守，而後三進燕南書院址，後由國軍構築雷達觀測所，至今半世紀以來，木雕祖師神像流落棲身於古區村「回龍宮」供奉，戰亂災變，禍延祖師，致棲神寺宇泰毀蕩然，片瓦不存，亦無寺貌圖照可瞻，又失史蹟可稽(查閱金門縣誌人民志篇四九二頁，僅紀錄四十四字而已)，治史如此簡要失實，令人惋惜。現寺址僅存地基石塊二方露出地面，衛哨亭一座，半毀彈藥庫二座，雜草林木叢生，而雷達觀測所，為地上地下三層固若金湯軍事重地，民眾閒雜人等不容攀登擅入。