港務處與縣警局為維護水頭商港港區內人、車安全及秩序，目前已將港區內道路劃設禁止停車標線，特別是小三通通關中心及往烈嶼交通船售票亭前，人車往來頻繁，警方將加強違規車輛之告發及取締，並呼籲民眾遵守交通規則，共同維護港區內交通安全與秩序。

水頭商港因為港區部份設施尚在施工，所以目前小三通客輪與大小金門交通船都共用一個浮動碼頭，這使得原本就狹窄的水頭碼頭，經常出現人車爭道的擁擠情形，雖然在港區內有規劃各型車輛停車場供民眾使用，但是仍有部分民眾為圖一時方便，而將車輛停放在小三通臨時通關中心前及往烈嶼之售票亭前，讓港區道路顯得擁擠不堪又險象環生。

有鑑於此，水頭港務處與縣警局為維護港區內人、車安全及交通秩序，目前已將港區內主要道路兩側劃設禁止停車標線，金城警察所水頭勤務組人員將加強違規車輛之告發及取締，對於違規停放之車輛除將依法處罰外，必要時並將逕行拖吊。警方呼籲民眾及旅客遵守交通規則，多多利用港區內的停車場，依規劃之各型車輛停車區停放，還給旅客一個通行無阻的道路空間，一起來維護港區行車安全與秩序。