國內航線票價調漲受到各界反彈，最後依舊拍板定案於今(一)日起開始調漲，四家航空公司各航線全額票價漲幅從2.7%至6.9%不等，相當於調高票價約50至100元，拜小三通所賜帶來眾多旅客的熱門航線：台北金門，漲價的金額在96~98元之間，漲幅也是5%。民航局表示，新票價實施後，設籍在離島地區的居民，搭乘國內定期航線班機往返其戶籍地時，依法可享有八折優惠。旅客持94年6月1日前購買的有效機票，在今年6月1日至30日內搭乘不必再補差額。

據民航局說法，國內航線票價上、下限自民國八十八年底經交通部核定後，已五年未曾調整，然而國際油價卻一再飆漲，確實造成航空公司成本沉重負擔。今六月一日起國內機票將正式調漲，漲幅約2.7%～6.9%不等，漲幅有限，國內航線票價調漲雖受到各界反彈，最後依舊拍板定案調漲，並沒有引起消費者特別的反應。其中除開航不滿一年的台北｜恆春、台中｜南竿、台東｜蘭嶼、高雄｜七美、高雄｜望安、馬公｜七美七條航線未申請調整票價，其他航線如台北｜高雄，台北｜金門、高雄｜花蓮、台中｜花蓮及台中｜台東等多條航線單程票價均調漲突破二千元關卡。

民航局表示，新票價實施後，設籍在離島地區的居民，搭乘國內定期航線班機往返其戶籍地時，依法可享有八折優惠。另旅客持九十四年六月一日之前完成購票及開票手續的民眾，在今年六月一日至卅日內搭乘不必再補差額價，其餘都必須依照漲價後的票價計費。而各公司未來也可依其營運狀況或市場區隔及通路特性等因素，提供不同的優惠票價，消費者未來搭機，最好多利用網路購票、票價都比較便宜。除非一定要到機場「臨櫃」購票，否則大可不必花那麼多錢買機票。

業者表示：六月下旬開始，將進入暑假旺季，目前熱門的觀光景點的機票賣相都不錯，已經出現搶位子的情形，預估六月底之後，將會更熱門。