金門縣政府昨就行政院衛生署疾病管制局擬於水頭港區興建金門小三通碼頭旅客緊急疫情診察處理場所，邀集相關單位研商討論。包括縣府、港務處、國有財產局等，都表達支持興建的立場。

由於疾病管制局這項興建「金門疫情處理中心」經費編列是在九十四年度，主持會議的金門縣政府主任秘書翁廷為就請疾病管制局儘速找建築師規劃，告訴需求，以及趕快辦理公地撥用，俾利興建工程的儘速推動。

行政院衛生署疾病管制局擬於水頭港區興建金門小三通碼頭旅客緊急疫情診察處理場所，預建地點在金城鎮水頭段的二筆土地(位置位於金門縣港務處水頭港區增設浮動碼頭及泊地浚深工程｜風雨走廊工程旁)。

而經金門縣港務處檢討後，覺得並無影響港區未來整體發展，且「金門疫情處理中心」的興建，有助於小三通旅客通關疫情管控，因此同意其興建。而由於這二筆土地為國有土地，行政院衛生署疾病管制局如確定將於該二筆土地興建，則需向管理單位申請同意該土地分割後，再依土地撥用程序向國有財產局申請撥用。至於興建地點以不影響旅客動線及便於疫情處理中心作業為原則。