有關禽流感的預防，縣衛生局已持續在執行相關防治措施及宣導工作，並中央單位研訂相關辦法中，而目前也備有一個月以上口罩、體溫計、隔離衣等預防物資。衛生局局長陳天順呼籲民眾，東南亞有可能是病源之一，應暫時避免前往，做好預防工作。

縣長李炷烽於九月十五日主管會報中對於禽流感疫情相當重視，並表示，防疫視同做戰，疏忽不得，一切要從嚴，要把它當大事看待。

衛生局指出，目前持續在執行禽流感宣導預防工作，包括，九月五日至十二日，於地區有線電視公司刊登宣導字幕，加強防範禽流感宣導。此外，而為加強縣民對禽流感防治措施的了解，解除民眾心中的恐慌，業已於九月五日假金城鎮公所七樓會議室，配合國民黨辦理禽流感防治宣導說明會，並規劃巡迴五鄉鎮辦理，九月十二日已於烈嶼鄉林湖村公所舉辦一場次說明會，另外，九月二十四日將假金沙鎮公所三樓辦理金沙場次說明會，之後也將陸續至其他鄉鎮辦理說明會。

而為因應禽流感疫情，已依據中央變時分級動員「零級」，成立禽流感防治分工，以利應便。

而目前正與族管局等中央單位研訂相關辦法，因需邀請專家學者共同研議，才能視病原體危險等級及操作方式決定配備，目前局裡也已依據SARS時期高標準評估醫療院所及大流行時之需求，備妥一個月以上之口罩、隔離衣、體溫計等預防物資耗材。

為加強地區第一線防護人員的防疫力，疾病管制局也針對地區第一線防治相關人員包括縣醫院、署北金門花崗石分院、衛生局、機場小三通業務人員、海、岸巡人員、消防人員等空運流感疫苗一千二百劑，即日起至十月二日止供各單位人員前往注射疫苖。