由於學生人數大幅減少，九十五學年度起，金門農工的科別將有所調整。金門農工的校長陳水芳表示，調整的方式是整併而非廢除。整併的最終目的，反而是為了讓廣義的農業與水產類科可以繼續存在，否則這些類科將因招生不足，面臨完全停招的危險。

陳水芳表示，金門農工將農場經營科整併到園藝科，將漁業科整併到養殖科，這麼做是為了讓園藝科和養殖科可以招到學生，光這樣做還不夠，工商類科還得配合減班。

他表示，金門農工的類科整併，是將農場經營與園藝科的課程整合為一科。農場經營科的授課內容為了配合農業發展和學生學習的意願，在課程和實習規劃上，早已偏向以園藝為主，內容和園藝科的區隔不大。由於同質性高，兩科只需保留一科，未來再利用學校本位課程的規劃設計，仍可配合社會的期望、學生的需求，以及師資專長，肩負培養地方農業人才的責任。

農科是一個上位概念，農場經營科只是其下的一個科別，園藝科也是農科之下的一個科別。農場經營科過去是由農藝科、農業經營科轉變而成的，顯示農業類的設科或科名並非永不變動。因此，金門農工還是有農科！

台灣的農業類科學校，在整併過程中，都是保留園藝科，將農場經營科師資調整至園藝科。由於已有前例可循，因此，金門農工將園藝與農場經營整併後，就直接以園藝科做為科名。

同樣的思維，也可以用來說明漁業科和養殖科的整併。兩科的課程原本就有重疊之處。若同時保留，可能同時招不滿學生，被迫停招；併成一科，才有機會繼續存在。整併後若要獨創新科，必須經過冗長的行政行程，緩不濟急，因此決定以養殖科涵蓋原有的兩科。

進行類科整併，最重大的原因是國中畢業生大幅減少了。九十三學年度全金門的國中畢業生共有七百一十七人，金門高中招收十班，共三百六十人，都能招滿；金門農工核定的額數雖然有十四班四百七十六人，但經過初招、續招之後仍有缺額，尤以農業水產類科的缺額最為嚴重：農經科廿三人、園藝科十四人、漁業科十人、養殖科七人。九十五年度，金門縣的國中畢業生只有六百六十五人，比九十四年度少了五十六人，預計會產生一百四十七個缺額。農業水產類科若不加以整併，將會面臨招生不足而全面停招的險境。因此，為了保有農業水產類科的存在，整併與減班的決定勢在必行。

這項整併的決定，是依照金門農工校務發展委員會與校務會議的決議，除了農業與水產(各有二科)將於九十五學年整併成農業與水產類科各一班外，其他科別的調整如下：家政科原有兩班，有一班將轉為餐飲管理科(高職無觀光餐旅科)。電子科原有兩班，有一班將轉為資訊科。九十六學年度，電機與商業科將各減一班。

配合類科調整，校方將規劃及鼓勵教師參加第二專長進修。同時，在訂定校本位課程時，各科將根據自己的特點及金門地區的需求，融入課程中，以建立各科特色。

陳水芳表示：八十四年四月十日，四一○教育改造遊行活動提出教改訴求後，高中職學生的比例由三比七調為四比六。高中生開放升讀四技二專後，則擠壓高職學生的升學機會，升學率只有六成左右。各校為因應這些挑戰，紛紛調整經營策略，包括進行類科整併。若一味緬懷歷史的豐功偉績而不進行變革，學校將會被淘汰！