小三通實施至今已有四年多時間，金門縣政府對於未來推動重點也希望中央應擴大往返適用對象，並促請通盤檢討「小三通」方案新一階段的政策，以擴大金門區位功能。

金門縣政府交通旅遊局指出，小三通未來推動重點，在人員部份，除目前准由「小三通」往返大陸人員外，應擴大對象如下：(一)凡持有中華民國護照的國民，均比照港澳模式，經由小三通，自由進出大陸地區。(二)祖籍金門之華僑及親屬，准其適用小三通，並得由台灣返回僑居地。(三)外籍人士來台旅遊，准其適用小三通往返大陸或台灣。(四)全面開放大陸人士入台觀光或專案活動得經由金馬入出，並簡化手續，縮短申請時程。(五)發展金門觀光產業，推動「邊境旅遊」。

在貨物部份，金門縣政府交通旅遊局指出，推動自大陸地區進口農、漁、畜產品，並「免課徵關稅」、「簡化檢驗、檢疫程序」及「減免行政規費」，以消弭非法走私，防杜疫情引入之危機。而輸出大陸貨品不再侷限福建台商生產所需原物料，應以切合台商需求，較能符合物品經濟效益，並增進貨物流通，減少金門至大陸海運空運現象。

金門縣政府交通旅遊局並指出，小三通未來推動重點上，將促請中央通盤檢討「小三通」方案，新一階段之小三通政策應朝：

(一)金馬與大陸間之經貿發展與人員往來應回歸「邊境商貿」的基本精神：1、邊境貿易內涵：邊民交易、旅遊購物、轉口貿易、小額交易、經濟合作、合資經營、勞務輸出、技術合作等。2、邊境貿易架構：雙邊協定、平等互惠。3、邊境貿易涉及事務：入境簽證、檢驗檢疫、金融匯兌、海關監管、貿易監管均應釐定個案性法律或法規。

(二)將「可操之在我」(不必兩岸協商，即可運作)的單向操作策略，調整為「主動務實，地方性通航事務，授權由地方政府進行協商解決」，主動務實作法。

(三)將「除罪化」的消極作為，調整為「積極輔導」允許運用大陸優勢資源(如：資金、人力、技術)創造金門經濟發展條件。

(四)擴大金門區位功能，金門可扮演國安屏障要角：1、開放金門直航大陸航點之空中小三通，發展中轉功能。2、設置兩岸軍事協商會議中心，體現「兩岸終戰區」政策，帶動金門發展會議、觀光產業。