小三通「試辦」至今已有四年多的時間，各方評價和反應不一，有人認為是單方傾斜「失血」，也有人為往返金廈兩地便利叫好。地方政府則期待擴大功能和開放中轉，好讓小三通真正促進離島經濟繁榮與發展。

金門與大陸「小三通」方案，是於民國九十年元月開始實施。法源依據為「離島建設條例」第十八條，以及「兩岸人民關係條例」第九十五之一條。推動原則，以安全、秩序、漸進開放，並優先實施「除罪化」及「可操之在我」部份。至於政策目標，在促進離島地區之建設與發展，增進兩岸良性互動，改善兩岸關係。

金門縣政府交通旅遊局指出，通航方案實施四年有餘，兩岸關係今非昔比，時空因素及內外部環境丕變，通航政策亟需檢討。

在金融郵務方面，開放金、馬金融機構辦理通匯業務，規劃金、馬金融機構承辦人民幣買賣業務，優先開放水陸，平、掛號郵件，和開辦快捷、包裹、小包郵務。在工商發展方面，循序漸進建設金、馬成為商務活動、觀光購物及休閒遊憩中心、發展加工製造業、設置「兩岸貨品交易中心」，發展觀光相關產業，及研議自大陸福建引水之可行方案。至於農漁發展方面，發展精緻農業、休閒農業及娛樂漁業、規劃設置「漁獲交易中心」、規劃發展觀光漁市。

金門縣政府交通旅遊局指出，在航運執行成效方面，客運部份，航線包括金門至廈門，金門至泉州，金門至湄州；客船部份，班輪有太武輪、浯江輪、東方之星輪、馬可波羅輪、新金龍輪、同安輪、新集美輪、鼓浪嶼輪。專案有金門快輪、合富快輪。航班部份，目前金門來往廈門每日往返共十二航班，春運期間，每日超過十二航班。

而金門「小三通」在海運載客量統計方面，九十年度入境一萬零七百零二人次，出境一萬零六百七十五人次；九十一年度入境二萬六千五百八十四人次，出境二萬七千零九十七人次；九十二年度入境八萬零一百八十三人次，出境七萬九千九百六十九人次；九十三年度入境二十萬零二千五百零五人次，出境二十萬四千四百三十三人次；九十四年度(一至九月份)，入境十九萬五千六百三十九人次，出境十九萬八千七百八十八人次。九十年度入出境海運載客量為二萬一千三百七十七人次，九十一年度入出境海運載客量為五萬三千六百八十一人次，九十二年度入出境海運載客量為十六萬零一百五十二人次，九十三年度入出境海運載客量為四十萬六千九百三十八人次。九十四年度(一月至九月份)入出境海運載客量為三十九萬四千四百二十七人次。九十四年度全年應可突破五十萬至五十五萬人次。

在貨運執行成效方面，航線包括：金門至廈門、金門至泉州、金門至漳州、金門至大嶝、金門至湄州、金門至圍頭、金門至寧德、金門至福州、金門至南安。在貨輪方面，計有萬順、東益等四十五艘貨輪曾參與營運；漁船改裝為貨船計有九艘。

金門「小三通」海運載貨量統計，九十年度有二十三船次，輸入一萬六千七百二十九公噸、輸出零；九十一年度有一百一十六船次，輸入五萬九千五百一十五點一四公噸，輸出七百五十二點四五公噸；九十二年度有一百九十七船次，輸入十五萬一千零四十一點三六公噸，輸出五百一十三點二二公噸；九十三年度有三百八十八船次，輸入三十二萬四千一百八十七點一九公噸，輸出三百三十點九公噸；九十四年度一至九月有二百八十一船次，輸入二十三萬四千七百五十五點二三公噸，輸出二百零六點三二公噸。

在商貿、金融執行成效方面，可得輸入金、馬之大陸貨品，金、馬當地政府提報，經主管機關同意者計四百五十七項，台灣地區准許間接輸入之項目計八千一百六十九項。而可得由金、馬輸出至大陸貨品，有金、馬地區產製商品、台灣地區報紙、香菸，以及大陸福建台商所需之台灣地區商品(以上尚無申請案)。至於進口金馬銷售免關稅項目商品計有乳酪等三百一十八項。由大陸進口金門地區商品以砂、石、建材為主。由金門輸出大陸商品以金酒、特產雜貨為主。大陸生鮮蔬果進口僅九十三年十二月乙批七項，計二點一五噸。

而自今年十月三日起在金門、馬祖地區試辦新台幣與人民幣兌換業務，只要是符合「小三通」出入境資格的人民，均可向在金馬地區許可的金融機構，兌換台幣、人民幣，每次以兩萬元人民幣為上限。

至於人員往來方面，大陸人民正式以「旅行」名義來金，迄九十四年十月十五日計一百二十九團二千二百九十七人入境。而我方人民出境人數統計方面，九十年度有九千七百三十八人次，九十一年度有二萬六千一百五十一人次，九十二年度有七萬八千七百八十二人次，九十三年度有十九萬三千九百三十七人次，九十四年度一至九月份有十八萬六千五百四十一人次。大陸人民入境人數統計，九十年度有九百五十一人次，九十一年度有一千零三十九人次，九十二年度有二千九百三十六人次，九十三年度有九千八百六十五人次，九十四年度一至九月份有一萬零四百四十人次。大陸人士來金旅遊統計，九十三年度十二月有六十四人次，九十四年度一至九月有二千零四十二人次。

方案檢討方面，旅客進出部份，金廈小三通海上客運之便利性已見成效，但適用對象受限諸如：福建省外之榮民、大陸配偶、個別進出之旅台金門鄉親、台籍人士等均不得經金門進出大陸，未能進一步發揮更大之通航效益。大陸人士來金旅遊，囿於申照程序不便，來訪人次寥寥無幾，無以帶動金門觀光產業發展效益。民生物資進口，程序冗長繁雜不便，關稅規費增加負擔，常規進口不具誘因，走私現象不能化暗為明，低劣大陸商品充斥市面，嚴重影響民眾健康與安全。

至於原物料進口方面，可得輸入金馬之大陸商品雖品項繁多，但申請輸入者寡，且品項侷限砂、石、建材，其主因在稅費負擔與進口程序不便，未能發揮「引進大陸價廉原物料，帶動離島產業發展」之政策效果。而郵務往來上，迄未啟動，不能直接通匯與郵務往來，已嚴重影響現行雙邊郵務運作。至於海運市場單向傾斜方面，則是金門福建海運市場日漸成長，但期貨運流向單向輸入，加以台灣商品仍不得經金門輸入福建，回運空載形成成本負擔，遏阻金門航運市場發展機會。