主計室以公務統計電子化作業，利用網路隨時提供最新資訊，發揮主計制度功能，協助各機關達成預定施政目標，確實掌握組織之核心業務，使有限資源之配置，更符合施政需要；人事室以有限之人力，統籌運用資源，提昇行政效率、為民服務品質，簡化便民措施，調整合理之組織型態，助於地區整體之發展。

縣府主計室除了依法公布實施(91-94)各年度總預算；編製(90-93)各年度總決算；另也進行家庭收支調查統計；辦理人力資源調查；各項社會指標統計；公務統計；國民住宅貸款(含修繕低利貸款)會計；採購稽核等業務。

據主計室統計，金門縣91-94各年度總預算，經縣議會三讀決議通過並依法定程序公布實施，計核編94年度地方總預算：歲入預算總額計75億9,479萬8千元，歲出預算總額計93億5,257萬6千元，歲入歲出差短17億5,777萬8千元。93年度地方總預算：歲入預算總額計77億5,821萬6千元，歲出預算總額計94億6,838萬6千元，歲入歲出差短17億1,017萬。92年度地方總預算：歲入預算總額計59億6,765萬2千元，歲出預算總額計87億3,258萬6千元，歲入歲出差短27億6,493萬4千元。91年度地方總預算：歲入預算總額計55億8,779萬7千元，歲出預算總額計71億8,920萬5千元，歲入歲出差短16億140萬8千元。

在編製(90-93(各年度總決算中，93年度總決算：歲入決算數為90億3,017萬1,275.12元，較預算數(77億5,821萬6千元(超收12億7,195萬5,275.12元，達歲入預算數116.39%；歲出決算數為86億136萬5,155元，較預算數(94億6,838萬6千元(短支8億6,702萬845元，達歲出預算數90.84%，歲計餘絀4億2,880萬6,120.12元，依法送審計機關審定中。92年度總決算：歲入決算審定數為79億2,580萬5千元，歲出決算審定數為78億4,096萬9千元，歲計賸餘8,483萬6千元。91年度總決算：歲入決算審定數為62億676萬7千元，歲出決算審定數為62億2,653萬2千元，歲計短絀1,976萬5千元。90年度總決算：歲入決算審定數為83億3,578萬1千元，歲出決算審定數為70億7,419萬5千元，歲計賸餘12億6,158萬6千元。

為瞭解居民各階層家庭生活狀況，主計室也自60年開始按年辦理家庭收支調查，逐戶編製訪問紀錄表，經初審後送至行政院主計處電腦處理中。而為瞭解地區人口之質、量、勞動力特性、就業與失業狀況，以及非勞動力構成等基本資料亦辦理人力資源調查，以明瞭人力供應情形，勞動力就業狀況及人力發展趨勢。自90年訂定實施計畫，完成金門縣各年度人力資源重要指標統計。在93年調查結果顯示：金門縣平均失業率為2.4％，較92年3.3％降低0.9個百分點，亦較台灣地區平均失業率4.4％低2個百分點；依性別分，男性失業率為2.9％，女性失業率為1.6％，調查統計結果整理完成地區人力資源調查報告書乙冊，並分送各機關單位參考。

為減輕本府辦理國民住宅貸款資金成本，辦理國民住宅貸款(含修繕低利貸款)會計業務。於93年度向台灣銀行舉借長期貸款五億元償還內政部營建署，適用年利率1.5%，較原年利率2.125%，每年可減少312萬5千元利息支出。為維地區採購之效率與品質，強化採購稽核小組之功能，訂定稽核監督作業規定，針對本府暨所屬機關學校及鄉鎮公所辦理採購案件進行定期及不定期稽核監督，並按月填送稽核件數月報表給行政院公共工程會及審計機關備查。

人事室針對地區實施戰地政務期間，公務人員因賭博或觀賭者，皆依「金門地區肅清賭博實施辦法」規定一次記二大過免職以及金門地區戒嚴時期因故依行政命令被撤(免)職之公教員工，參照「戒嚴時期人民受損權利回復條例」之精神，爭取銓敘部同意由本府以個案解決方式，編列預算送議會通過，以核發救濟金方式辦理，爰訂定「金門地區戒嚴時期涉賭(觀賭)被免(撤)職或離職之公教員工任職年資計發一次救濟金實施要點」以及「金門地區戒嚴時期因故依行政命令被撤(免(職之公教員工任職年資計發一次救濟金實施要點」，讓因實施戰地政務而對地區公務人員工作權任意剝奪即屬不合理工作權獲得適度保障，對當事人予以適度補償，並表政府對工作權保障之重視。兩項救濟金於執行期間分別有65人、18人申請核發。

人事室指出，為靈活人員編制助益整體發展，基於社會環境快速變遷，加速推動為民服務績效，另外，離島建設條例之訂頒實施，為兩岸小三通提供法源依據，而兩岸政治體制歧異，亟待政府有組織、有系統的針對大陸事務等相關資訊，提供民眾汲取，研判、作有利的抉擇。因此，在中央主導大陸事務格局下，宜配合增設輔助性窗口(設大陸事務課)，協助處理小三通相關事務。並修正金門縣政府組織自治條例暨所屬行政機關組織規程。以有效管理業務性質特殊之單位，或單位間橫縱的管理，以及部門分支的聯繫，以其組織架構得以配合行政需求；合理調整編制，朝向有利於縣府發展之組織體系。

修正後之內容重點包括：二級機關「殯儀館」改設為「殯葬管理所」，另增設二級機關「養護工程所」(另公營事業｜花崗石廠裁撤)。自治條例增訂第6條為：置消費者保護官1人，承縣長之命，並受副縣長及主任秘書之督導辦理本縣消費者保護事項。內部一級單位「觀光局」改設為「交通旅遊局」；「秘書室」改設為「行政室」；「計畫室」改設為「研考室」，合計府內一級單位維持為12個。另外，縣府及所屬行政機關除醫院及警察、消防機關外，員額總數最高為451人(原454人，扣除稅捐處移撥國稅局3人)。推動縣立醫院改隸為署立醫院。

主計室指出，未來將繼續推動所屬單位全面實施預(決)算編製及會計作業電腦化，以提高工作品質及效率；嚴格執行政府採購制度，依法辦理監標、監驗，厲行事前審計，並加強辦理查核金額以上之採購及發現機關辦理採購有重大異常情形或違反採購法規定之不定期抽驗，以發揮稽核小組設置之功能。並加強主計業務輔導、充實網站內容，加強資訊公開(如預算、決算、社會指標統計等)，並適時更新網頁，以提升服務品質等為努力方向，「妥適分配有限資源，協助推動縣政建設，提升政府財務效能」。

人事室指出，「工欲善其事，必先利其器」。未來也將持續以為提昇行政效率，提高為民服務品質，簡化便民措施；如何以有限之人力，統籌運用資源，提昇行政效率、為民服務品質，簡化便民措施，調整合理之組織型態，助於地區整體之發展。