為完善地區的特殊教育，讓地區所有的身心障礙孩子都能接受完整而適性的教育、輔導，縣府訂有特殊教育中長程發展計畫，做為特殊教育的工作重心與方向，希望充份發揮幼吾幼以及人之幼的精神。

縣府表示，地區的特教學生，除安置在特教班上課外，部分重度或極重度視覺障礙、聽覺障礙、智能障礙或多重障礙學生透過社政、教育或私人介紹等管道轉介安置在台灣各特殊學校或教養院，有必要整合，以確實掌握學齡身心障礙學生的動向。

縣府指出，九十五年至九十八年的中程目標，包括：一、完成普查與整合早療中心通報網、領有身心障礙手冊通報網、縣市特教通報網等系統資料，透過各階段個案通報轉銜，建置金門縣完整的身心障礙學生資料庫，提供整合式適時的支持性服務；二、建立心評教育訓練制度，有計畫培育心評教師；三、提高班級合格特殊教育教師比率達到百分之六十；四、教師參加特殊教育專業知能研習總時數達五十四小時以上人數比率，達到百分之七十；五、特殊資源中心聘用一位以上專任專業人員，協助推展特殊教育工作；六、增設情緒障礙巡迴輔導班乙班，協助學校輔導情緒障礙學生教學與輔導工作；七、完成無障礙校園環境改善工程。

中程目標預期績效計有：有效掌握全縣身心障礙學生人數及個案資料，規劃社會福利服務和特殊教育計畫；建立完整的通報轉介制度，整合社政、教育服務資源，避免資源的重覆浪費；提供鑑定功能及特殊教育服務水準；即時、有效提供身心障礙家長各項支持性服務。

評估的指標則為：建置完整的自滿三足歲至未滿十八歲身心障礙學生資料；培訓在職教師十至十五人達到高級心評人員水準；增加全縣教師個人參加特教知能研習總時數達到五十四小時以上的比率；巡迴輔導班合格教師達到每班二人，自足式及資源班合格特教教師每班至少一人；特殊教育資源中心聘用一位專業人員；增設情緒障礙學生接受巡迴輔導班，配置合格特教教師二人；完成全縣無障礙校園改善工程。

民國九十九年至一百年，長程目標包括：醫療、社政、教育、勞政等單位同時完整掌握身心障礙孩子的出現、發生個案資料及人數，醫療單位透過有效的產檢機制「提前發現」，新生兒透過罕見疾病篩檢和健兒門診的機制「及早發現」，並透過網路第一時間同步通報，讓社政單位早期療育中心社工訪視、評估，提供「早期治療」和「社福支援」，讓教育單位學前特殊教育「及早教育介入」，學齡階段「個別化教育」和「職業訓練」，讓勞政單位「職前教育」和「就業媒合」或社政單位「教養安置」等工作做有計畫的評估與規劃；讓在家教育學生走出家庭和醫院，都能得到適當教育安置；建置縣市教養機構，結合教育資源，建立教和養分離與合作，讓家長工作時安心工作、休假和休閒時享受親情的團聚；學校、教學提供無障礙的學習環境，讓身心障礙學生安心學習；建置完善的諮詢和資料搜尋系統，提供學校教師完整的特殊教育資訊。