小三通實施五年來，往來人數逐年增加，根據福建省政府彙整的資料，去(九十四)年金門地區小三通總人數逼近五十二萬人次，而連江縣也達到三萬六千五百餘人次，均比前年大幅增加，顯示金馬小三通已成為兩岸往來的熱門航線。

根據省府彙整去年金馬兩縣小三通人員往來、商務貿易的比較：

金門地區在人員往來部分，去年金門縣小三通總計為518,719人次，出境總人次為260,488人次，入境總人次為258,231人次，其中，金門民眾(含台商)赴大陸人數計244,504人次，較上年同期193,937人次，增加50,567人次，成長26.07%。大陸地區民眾來金門人數計14,132人次，較上年同期9,865人次，增加4,267人次，成長43.25%。

馬祖地區小三通人員往來部分，總計小三通往來有36,554人次，出境總人次為17,752人次 ，入境總人次為18,802人次，其中，馬祖民眾(含台商)赴大陸人數計13,739人次，較上年同期8,434人次，增加5,305人次，成長62.9%。大陸地區民眾來馬祖人數：計4,475人次，較上年同期2,544人次，增加1,931人次，成長75.9%。

至於金、馬二縣在小三通商務與貿易部分，大陸地區貨物輸入金門地區計436航次，貨運砂石等計387,443公噸；金門地區貨物輸入大陸地區，僅少數金酒等特產計630公噸。另大陸地區貨物輸入馬祖貨運水泥、砂石等計122,875公噸。

金馬兩縣合計，金馬民眾(含台商)赴大陸人數計258,243人次，較上年同期202,371人次，增加55,872人次，成長27.61%。大陸地區民眾來金馬人數：計18,607人次，較上年同期12,409人次，增加6,198人次，成長49.94%。而商務與貿易，大陸地區貨物輸入金馬，貨運水泥、砂石等計1,609,318公噸。

另外，金門、馬祖之金融機構辦理大陸地區發行之貨幣及大陸地區人民持有外幣現鈔、旅行支票之買賣已自去(94)年10月3日施行，根據省府統計，金馬地區截至94年12月份止兌換人民幣金額分別為：

金門地區：核定台銀金門分行、台銀金城分行、土銀金門分行、土銀金城分行、金門縣金城信用合作社等5家，計買入人民幣5,466.4千元，賣出46,493.8千元。

馬祖地區：核定台銀馬祖分行1家，計買入130千元，賣出2,939千元。

另據省府統計金門、連江兩縣去(94)年1至12月觀光人數，其中，金門縣計462,731人次，較上年同期462,598人次，增加133次，成長0.03%。連江縣計119,015人次，較上年同期124,489人次，減少5,483人次，負成長4.4%。