針對原金門縣立醫院於九十四年十月一日改隸行政院衛生署後，原有職員工因受衛生署所屬醫院九十五年度預算員額之限制，而有部分原縣立醫院現職員工權益受到影響；案經縣籍立委吳成典協洽行政院、衛生署及人事行政局後，行政院終於同意概括承受，確保了既有員工之權益。

行政院衛生署金門醫院九十五年度預算員額共有九十八人(含職員八十六人、工友四人、聘用一人、約僱七人)，然原縣立醫院既有員工尚有工友三人、技工三人、駕駛四人及約僱七十人未列入該署預算員額內，導致該等員工權益受到影響。

依據「金門縣立醫院改制為行政院衛生署金門醫院協議書」第二條第一項：「縣立醫院之現職人員自改制日起由乙方概括承受。並由乙方本尊重其現有權益之原則下，依其所屬醫院適用之人事法規辦理改任及管理之。」。縣籍立委吳成典乃據此協洽行政院、衛生署及人事行政局，依此規定准予衛生署概括承受。

案經行政院重新核定「行政院衛生署所屬機關九十五年度預算員額重新轉正一覽表」、「行政院衛生署金門醫院聘用人員聘用計畫書」及「行政院衛生署金門醫院約僱人員僱用計畫書表」，上開八十名員工同意由衛生署概括承受，並由整體署立醫院原列出缺不補之預算員額職員空缺列入，保障該等員工既有之權益。