行政院環境保護署針對全國各縣市廚餘回收再利用績效進行評鑑，本縣在有限的人力下，仍積極推動廚餘回收及堆肥的工作，將廢棄物充分的利用，所製成的有機肥施用於公園、綠地，讓環境更綠美化。執行成效獲得評審肯定，與台北市等五縣市同獲評為績效特優縣市。

根據環保署對於本縣執行廚餘回收再利用評鑑的特色為：在有限的人力下，仍積極推動廚餘回收及堆肥的工作，並將修剪行道樹之廢樹枝及回收之牡蠣殼破碎後，做為廚餘堆肥的副資材，可以說將廢棄物充分的利用，所製成的有機肥施用於公園、綠地，讓金門縣的環境更綠美化。

有關本縣廚餘回收再利用計畫，環保局指出，本縣金城、金湖、金沙、金寧、烈嶼五鄉鎮，94年1-9月每日垃圾量約42餘公噸，其中有機廢棄物因實施廚餘回收後正逐年下降，目前本縣廚餘除部份供養豬戶當作飼養豬隻使用外，其餘均運至該局廚餘堆肥場製作有機堆肥。而持續加強提昇「強制垃圾分類」工作之執行，落實本縣廚餘等有機廢棄物之回收再利用工作已成為本縣當前重點施政方針之一。

關於本縣執行廚餘回收再利用工作的創新性做法，環保局表示，本縣回收之廚餘原均運往金門縣農業試驗所堆肥場製作有機堆肥，後因該堆肥場臭味遭民眾抗爭，現於新塘掩埋場貯存槽邊空地搭配環保署於93年度補助之廚餘處理設備製作有機堆肥，94年度補助新台幣8,000,000萬元整辦理區域性廚餘堆肥場興建，已委由縣府工務局辦理規劃設計中，於細部設計完成後辦理工程發包事宜。

另外，由於本縣四面環海，有許多蚵農並產生許多蚵殼，為避免原有堆肥場空間及機械設備閒置，已規劃為牡蠣殼處理廠，利用原有廚餘粉碎機粉碎後做為土壤改良劑。