經濟部水利署水利規劃試驗所推估金門全區民生、工業、觀光及國防等標的總需水量，預估至民國一百一十年將達四萬零八百六十三噸，雖然水利署提金門地區供水改善計畫計八項，所需總經費約三十一億餘元，但經經建會第一二四六次委員會議審查後，是修為四項需總經費約十二點一九億元，和目標年用水需求將無法滿足。

金門縣自來水廠因此建議中央，應同意照案核定計畫，除同意興建高級淨水處理之設施外，最根本之解決辦法即從大陸引水，建請中央在政策面予以考量，並補助所需經費。而經濟部水利署日前來金檢討評估金門一期海水淡化廠的總工程司謝勝彥則表示，有關金門縣政府建議自大陸買水的計畫，現階段在政策上恐怕是行不通，朝多元化水資源開發應是現階段可努力方向。

根據經濟部水利署水利規劃試驗所指出，經濟部水利署於民國九十五年三月十三日提報「離島地區供水改善計畫」於行政院審議，九十五年四月六日於經建會會前審查，後於四月十日第一二四六次委員會討論，與會代表咸認為離島地區原先設置之海水淡化廠，運轉仍存有疑慮，在上述問題尚未釐清前，不宜擴大投資，該會議結論請經濟部於一個月內邀集經建會，及其他有關機關評估金門、馬祖地區現有海水淡化廠之缺失並檢討。

經濟部水利署遂邀請相關單位，於日前來金門就現有海水淡化廠召開檢討評估會議，期能有效提昇現有海水淡化廠之功能，以提供金門地區穩定之水源。

經濟部水利署水利規劃試驗所所提金門地區供水改善計畫，在有關水資源供需檢討指出，本計畫經依大、小金門分別檢討人口、每人每日用水、自來水普及率及抄見率等，據以推估金門全區民生、工業、觀光及國防等標的總需水量，預估至民國一百一十年將達四萬零八百六十三噸。

水規所指出，湖庫日供水量經重新分析為一萬五千八百七十噸(大小金門各為一萬四千一百五十五及一千七百一十五噸)，地下水九千一百五十七噸(大小金門各為八千一百五十七及一千噸)，海淡水二千噸(大金門一期)。並俟「水資源整體開發修正計畫」各項工程陸續完成後(預計民國九十六年底)，包括蘭湖改善(八百五十噸)、尚義截流(七百一十噸)、榮湖浚渫(七十噸)、太湖浚渫(一百二十五噸)、下湖人工湖(三千零五十四噸)、田浦浚渫(五百六十噸)等六項計五千三百六十九噸，合計金門全區供水量為三萬二千三百九十六噸，距目標年供水缺口為八千四百六十七噸。

經濟部水利署水利規劃試驗所並指出，如本計畫各項工程完成後，除可彌補金門全區之供水缺口外，大小金門因獨立供水系統造成之缺水亦得以完全滿足。

水利規劃試驗所指出，在水資源經營策略上，提高用水效率、適度以多元方式開發新水源，為金門可以努力重點。即推動節約用水及有效管理既有水利設施，並推動再生水利用及雨水貯留示範計畫，再適時擴建海水淡化廠補其不足。另外，加強既有湖庫維護及管理，著重集水區保育及加強上游非點源污染控制以改善湖庫水體體質，提高湖庫供水能力，也是努力的重點。而在維持連通大小金門供水管路增加彈性調度方面，則建議採彈性調度以保持大小金門供水區域之串聯運用。

至於在供水改善計畫內容及經費方面，水利規劃試驗所指出，經濟部水利署原提計畫計八項所需總經費約三十一點六二億元。其中，小金門新增九百五十噸海淡廠有償BOT約需三點八四億元，大金門一、二期(合計四千噸)海淡廠ROT約需六點八三億元，大金門新增五千噸海淡廠有償BOT約需十點零三億元，自來水淨水場高級處理約需五點四億元，自來水管線汰換約需三點六億元，湖庫浚渫改善零點六二億元，大小金門聯管修復零點九億元及節約用水配合二期零點四億元。

經濟部水利署水利規劃試驗所並指出，金門地區供水改善計畫，經建會在一二四六次委員會議也修為四項需總經費約十二點一九億元，其中，小金門新增九百五十噸海淡廠約需三點八四億元，大金門一、二期(合計四千噸)海淡廠ROT需六點八三億元，湖庫浚渫改善零點六二億元，及大小金門聯管修復零點九億元，惟目標年用水需求將無法滿足。

金門自來水廠則指出，有關經建會於九十五年四月六日審查「離島地區供水改善計畫」，審查結果刪除金門地區之高級淨水處理、自來水管線汰換及節約用水配合措施等多項計畫，其金額高額九億四千萬元，已嚴重影響金門地區永續發展與建設。按本項計畫係由經濟部邀集相關專家、學者與水資源相關部門，經過一年餘之反覆審慎研究探討，所獲得之建設計畫，屬成熟可行方案，建請中央瞭解金門實際狀況，同意照案核定本計畫，以徹底解決地區水資源不足及水質不佳困境，並落實政府照顧離島居民之德政，強化離島居民對政府之向心力。

金門自來水廠也建議，目前海水淡化之技術及經驗雖然以臻成熟，成本亦大幅降低，但仍請規劃單位針對下列問題予以評估，包括：一、考量設計最大出水量與平時操作出水量之問題，預留操作彈性。二、小金門之海淡廠產能過小，不具經濟規模，採促參方式辦理，廠商之意願問題。三、審慎評估新建海淡廠之前處理、廠址、海水取水位置及水質等問題，並訂定嚴謹之合約，避免重蹈覆轍。

金門縣自來水廠也表示，金門地區之湖庫由於受天然環境影響，臨界村落、畜牧場及農田，難以劃設水質水量保護區，致常遭受農業與畜牧污染，部分水庫又因鄰海鹽化嚴重，造成水源水質不佳，再加水庫容量過小，常期靜置，致優養化嚴重，藻類繁殖茂盛，原水水質惡劣，不符法規標準，使目前淨水流程難以處理，造成口感不佳，並影響消費者健康，長期以來為民眾詬病，為有效解決地區水質不佳及缺水之問題，除請中央同意興建高級淨水處理之設施外，最根本之解決辦法即從大陸引水，建請中央在政策面予以考量，並補助所需經費。