海巡署經在陸委會委員會議中指出，針對加強金馬小三通防檢疫防範禽流感入侵，未來將協調警政署空中勤務總隊支援，對海域空中加強巡邏，以達早期偵蒐的目標。

海巡署在陸委會第一百七十次委員會議提出「加強金馬小三通防檢疫防範禽流感入侵」工作報告，說明該署針對金馬地區及小三通海域，杜絕疫病藉由走私偷渡及大陸越界捕魚等管道入侵之相關執行情形。

海巡署指出，為防杜禽流感等傳染病藉由小三通管道入侵國境，海巡工作益顯重要，目前海巡署採取之具體作為有四項，分別是：一、加強組織性、集團性走私情報蒐集。二、針對海上、岸際不同區域加強巡邏勤務，驅離或取締大陸漁船及查緝走私、偷渡。三、加強小三通港口之安檢作業，因應小三通擴大適用對象，適時增派人力支援，預防挾藏違禁品入境。四、協調警政署空中勤務總隊支援，對海域空中加強巡邏，以達早期偵蒐。

同時並將利用各種機會與漁民進行座談與聯訪，宣導防範違法走私等及防疫觀念。

海巡署表示，目前該署在金馬地區皆設有巡防區，轄區內配有海巡、岸巡、查緝各隊及安檢所，金門更設有機動巡邏站；目前金門有海巡人員五百五十一員、船艇十八艘，馬祖有三百二十三員、船艇十七艘。

海巡署指出，未來仍將本著「攔截於海上、阻絕於岸際、查緝於內陸」之勤務指導原則，賡續加強推動「晴空專案」之各項具體查緝作為，對於突破海防登陸重大案件，將積極追查，並研議因應之道，同時持續加強驅離漁船越界、查緝走私及旅客夾藏違禁物品入境，以防治疫病入侵，確保國家整體防疫安全。