針對離島建設基金的使用分配方式，九十五年做了重大的改變，原列補助金門、馬祖、澎湖等基金項目多數均被排除未能納入，嚴重影響離島的建設與發展。

案經金馬立委吳成典、曹爾忠、澎湖立委林炳坤多次的與朝野協商代表溝通互動，並向經建會據理力爭下，於六月二十七日下午在立法院的再次朝野政黨協商中終獲初步共識，為離島的發展再次爭取到最高權益。

立法委員吳成典國會辦公室指出，下述共識俟各黨黨鞭簽字後，即可交付院會討論議決：一、應延後一年或漸進實施，不能影響離島的建設與發展。二、建請於九十六年度編列預算時，應統一恢復基金成立前各部會補助金門、馬祖、澎湖等離島預算科目，納入九十六年度概算編列，避免脫節。三、新增補助離島事項，併入台灣地區各預算科目辦理，各部會對於地方政府之建設補助，不得排除離島地區，且應優先予以考量。四、請行政院協調各部會，以九十五年度中央對地方補助計畫之結餘款十九億四百零六萬八千元，優先補助離島地區本年度離島建設預算之差額。