政府試辦「小三通」，主要目的是在促進離島建設與發展，以及增進兩岸良性互動，並在「安全」、「安定」的前提下，循序開放金馬與大陸地區進行貨物、人員、船舶與金融等雙向直接往來，並優先實施「除罪化」及「可操之在我」部分。

陸委會最近在海基會於金門縣政府召開的「台商服務聯繫小組」第七次會議中，並就小三通政策實施進行說明。對於小三通因大陸方面諸多限制，呈限失衡現象，如人員往來去多來少，貨物往來去少來多，構成金馬經濟長期的隱憂，認為小三通實施係基於整體「三通」政策及循序漸進原則，與地方期待難免產生很大落差，亦形成中央與地方間的摩擦，將持續進行政策宣導與說明。

陸委會指出，金馬「小三通」自實施以來，依據執行成果，在客觀條件可以配合，如定期航線開闢及機場碼頭設施完善下，已就可操之在我部分盡可能放寬，並適度開放一定人貨中轉，同時也特別重視地區安全問題，持續強化查緝走私及防檢疫等工作，讓「小三通」運作能更符合政策目標。

陸委會並指出，整體而言，「小三通」的實施，為金馬與大陸福建地區開闢一條便捷安全的交通管道，但因為大陸方面未能全面配合，使「小三通」運作及成效仍受到很大限制。另外，金馬離島長期建設也將盡可能與臺灣本島建設作最大連結，不宜過於仰賴「小三通」，才能確保金馬地區的永續發展及民眾福祉。

陸委會指出，試辦「小三通」自民國九十年一月一日起，迄今已逾五年，重要政策調整措施，主要有：

一、放寬「一區一港」限制：

在安全及有效管理前提下，以專案審查方式准許自大陸進口砂石可經金門、馬祖指定通航港口(如金門料羅港、馬祖福澳港)查驗後，原船將砂石運送至金馬地區其他港口(九十一年八月)。金門水頭港區並在九十一年開放作為專案通航客運航點，另於九十五年三月指定為離島兩岸客運通航港口。

二、人員往來：

(一)逐步放寬人員中轉：包括經核准赴大陸投資台商(含幹部及眷屬)、福建籍榮民(及同行之眷屬)、福建籍大陸配偶(及同行之眷屬)、試辦通航有關商貿負責人(九十一年八月至九十三年三月)。(二)台、澎民眾進行宗教交流可專案申請包船赴大陸，放寬可專案申請包機經金馬轉船舶進入大陸地區(九十一年八月)。(三)為利「小三通」入出境管理之一致性，台灣本島民眾經申請許可改採護照入出境。基於邊區貿易精神，金馬民眾維持原金馬證入出境，效期由一年調整為三年(九十三年三月)。(四)金馬旅台鄉親往返兩岸：1、開放金馬旅台鄉親得組團經金馬往返兩岸(九十四年二月)。2、調整金馬旅台鄉親不必組團，可自由行方式經「小三通」往返兩岸，並考量家族活動的需求，將旅台鄉親的配偶、直系親屬、二親等旁系血親與配偶、未成年子女，得同行納入適用範圍(九十五年五月)。

三、貨物往來：

為促進金馬地區經濟發展，九十一年十二月開放福建地區台商生產所需物品可由臺灣經金馬中轉大陸(另報紙、香菸可專案申請輸往大陸)；並持續檢討放寬金馬地區進口大陸物品九千六百六十七項(佔所有貨品百分之八十八點六)「台灣：八千六百六十項，佔百分之七十九點三八」，金馬地區免稅進口國外物品項目三百一十八項(持續檢討放寬中)。

四、「小三通」試辦常態化：

依試辦通航辦法規定，「小三通」延展試辦應報行政院核定(分別於九十、九十一及九十二年底續予展延一年)。配合兩岸條例於九十二年十二月修正，將「小三通」納入大陸政策之一環，明確增訂「小三通」相關規範，為「小三通」常態運作奠定基礎，並修訂試辦通航辦法不須逐年辦理展延。

五、試辦人民幣現鈔買賣業務：

修正試辦通航辦法第二十九條規定，於九十四年十月三日實施金馬金融機構試辦人民幣業務，符合「小三通」入出境規定金馬當地民眾、台灣地區人民及大陸旅客，可向經過許可的當地金融機構或由其委託的行業或機構兌換人民幣，每次入出境兌換限額為人民幣二萬元(截至九十五年七月十三日賣出人民幣金額約一億三千四百六十七萬元，買入約一千五百一十四萬元)。

六、其他重要措施：

包括推動台商子弟返金就學(合計九十二人，其中高中職四十二人、國中二十六人、國小二十四人)，並將其(包括直系血親)納入「小三通」適用範圍，便利其入出境；開放台灣地區人民因天災、重病或其它特殊事故，得專案申請許可由大陸地區經金馬接返台灣(至九十五年六月底共四十六案)，及持續強化金馬通航港口防檢疫機制與設施。

陸委會指出，小三通試辦迄今，截至九十五年六月底，航運往來方面，雙方航班往來有一萬一千三百五十三航次，其中我方船舶航行五千零五航次，金門至廈門、泉州三千五百零三航次，馬祖至福州地區一千五百零二航次；大陸船舶往來金門、馬祖計六千三百四十八航次。客運航班方面，金門地區金廈客運船班現由兩岸各三家航商經營，九十五年七月一日起每日單向十航班可載運二千九百餘人次，金泉客運船班自九十五年六月八日開始定期航線，由我方一家航商經營，現每日單向一航班可載運二百八十二人次。

而在人員入出境方面：

我方人民入出大陸地區逾一百四十三萬人次，其中由金門地區實際入出大陸地區逾一百三十五萬人次，馬祖地區約八萬七千人次，金門地區平均每月約有二萬四千人次台商往返，約占所有旅客之六成。而大陸人民進入金門馬祖僅有五萬四千多人次(其中探親、探病、大陸配偶等社會交流案有三萬七千多人次)，大陸人民實際來金馬觀光僅一萬零五百一十八人次(我方每年開放大陸人民到金門觀光數額規模二十一萬九千人，不限大陸省份，但中共目前僅開放福建居民到金門觀光，其它省份則尚未開放)。

在進出口貿易方面：

金馬地區進出口報關計有五千四百二十七件，其中進口五千零九十三件，出口三百三十四件；報關金額逾新臺幣十二億元，其中，金馬出口大陸逾二億元，進口逾十億元。金馬地區進出口物品項目，進口大陸物品主要為砂石、建材、高粱等，出口物品以地區產製高粱酒、貢糖等特產為主。

在經濟效益上：

陸委會指出，小三通的實施，除開闢了一條安全便捷的交通管道外，同時也對活絡地區經濟，提升經濟發展的功能，具有相當正面的意義。目前金馬已成為台商往來兩岸重要管道。惟小三通實施以來，因大陸方面未能有效配合，船舶、人、貨往來等目前呈現去多來少或進多出少的現象，也構成金馬經濟長期的隱憂。

未來努力方向：

陸委會認為，將強化小三通有效管理機制，包括加強查緝走私、防杜大陸漁船非法進入金馬水域，並落實人員入出管理等；以及持續加強小三通防檢疫工作，並依行政院核定「我國因應流感大流行之準備計畫」進行各項防治作為，確保民眾健康及生活品質。並在有效管理基礎上，循序推動金馬地區進口小額小量農漁產品事宜，建立正常商業化管道，以消弭走私，並杜絕可能疫病入侵；另配合小三通軟硬體設施改善，如水頭碼頭聯合辦公大樓完工，完善旅客行李直掛業務，並在有效管理機制下逐步檢討人貨中轉政策。