二○○六金門健康路跑共有二千五百四十人參加(報名人數為三千一百四十二人)。其中，參加競賽組的人共有二百一十三人；軍中組有六百零八人；健康組有一千七百一十九人。

競賽組依男、女及年齡分為十組。軍中組分三組。各分組成績如下：

男A組：第一名林清輝(48分27秒)。第二名楊英。第三名李金溝。

男B組：第一名戴克鑽(46分54秒)。第二名黃制宜。第三名陳用烈。

男C組：第一名何盡文(35分26秒)。第二名黃嘉維。第三名李彥概。

男D組：第一名楊耀光(38分38秒)。第二名翁瑀涔。

男E組：第一名陳文政(42分31秒)。第二名許仲安。第三名楊天豪。

女A組：第一名吳能娥。

女B組：第一名高麗珠。第二名黃希婷。第三名黃玉真。

女C組：第一名陳梅芳(50分22秒)。第二名蔡婉妮。第三名楊雪蓮。

女D組：第一名曾怡靜(45分54秒)。第二名莊毓虹。

女E組：第一名蔡欣雅(49分01秒)。第二名葉霽萱。

軍A組：第一名鄒雙喜(46分24秒)。第二名賴傳財。第三名陳榮在。

軍B組：第一名林順欽(53分48秒)。第二名張志豪。第三名呂俊明。

軍C組：第一名楊志勇(43分51秒)。第二名蘇新智。第三名伍智祥。

各組第一名獎金是五千元；第二名獎金三千元；第三名獎金二千元。合計頒發獎金十一萬九千元。