花崗石坑道醫院於民國六十九年建立，民國八十七年改名國軍金門醫院，九十四年七月一日因國軍裁撤走入歷史，由行政院衛生署台北醫院接管成為署北花崗石分院，同年十月一日，金門縣立醫院署立化，併入成為署立金門醫院花崗石院區。今日(九十六年一月一日)配合醫療資源整合，花崗石院區將結束醫療服務，讓走過烽火，極具戰備與歷史意義的花崗石坑道醫院真正走入歷史了！

民國六十九年中秋節，蔣經國在花崗石醫院落成誌中寫到，花崗石醫院是國軍運用智慧、克服困難，經過二年的時間花費血汗以及辛勞所建置完成的一所戰地醫院，代表著國軍壯闊的力量以及金門戰鬥精神。

命名為花崗石醫院除了因其建築在花崗石之內因地取名，也更象徵不畏艱難、堅強屹立，其介如石的志節，此外這也是人類發揮智能信念，來實現理想事業最宏偉的建築。

花崗石坑道醫院建造於民國六十九年，坑道全長一千八百公尺，民國八十七年改名國軍金門醫院時，坑道內分設行政區、病房區、醫療區、動力區、生活區等五大區，以及中央空調、緊急戰備、通信系統、消防及照明等等裝置及採購各先進醫療設備，已改過去坑道密閉、空氣不流通之現象。

而成立於民國六十九年的國軍金門醫院，在服務軍民醫療四分之一世紀後，隨著國軍實施精實案而裁撤，這座軍醫院卸下軍裝走入歷史後，也特別成立「院史室」，見證花崗石分院過往的光榮歷史與歲月。

而九十四七月一日，國軍醫院完成任務與使命正式劃下句點，由署立台北醫院接管成為署立台北醫院花崗石分院，雖然褪去國軍身分，但仍提供醫療服務。

為提升改善金門離島整體的醫療資源與服務品質，衛生署於九十四年十月一日正式將衛生署臺北醫院花崗石分院(原國軍金門醫院或稱花崗石醫院)、金門縣立醫院及其烈嶼分院整合成立衛生署立金門醫院。

縣立醫院署立化後，花崗石醫院和縣立醫院、烈嶼分院均併入成為署立金門醫院三院區，首任院長趙崇良，他受衛生署指示「醫療不中斷、接軌無縫隙」及保障全體員工的全部權益外，同時以「民眾就醫的滿意度、後送人數的減少、到金門旅遊生病民眾的照顧以及小三通在大陸臺商生病回金門受到的照顧」，這四個指標評估該院的貢獻以及考量給予該院進一步的經費補助。

而署立化後的醫院，成為一院三區，院本部以急症、內外婦兒及牙科、眼科、精神科為主，花崗石院區原以急重症、呼吸治療、洗腎、復健為主，烈嶼院區以門急診為主。

而為民眾就醫便利，院本部於十一月起開始開辦各科夜間門診，且所有藥事、放射、檢驗及病房護理的人員從本月起必須輪調至花崗石院區至少一週，以適應不同文化。

另外，院本部的一、二樓以病患的方便性為考量，將社服室、申報組、廚房及向日葵之家二樓的行政科室往花崗石院區集中。牙科、復健科等非重症科別也往花崗石院區發展集中，此外，也規劃將花崗石院區改成行政及非重症疾病治療中心。

為了達成減少後送的目標，重症的發展是必需持續的。故花崗石院區仍需保留原有的五床加護病房及慢性病房(呼吸治療病房)。

隨著急重症大樓的啟用，衛生署金門醫院花崗石院區醫療也將逐部整合至院本部，十一月十八日，花崗石院區加護病房整併至院本部急重症大樓；十二月六日，花崗石院區慢性病房整併至院本部三樓病房；最後，洗腎醫療以及花崗石院區門診醫療也將於明整併至院本部，花崗石醫院將僅剩行政、宿舍部份，醫療服務將劃下句點。

對於花崗石後續使用、以及仍留於花崗石院區的行政等部門之後是否配合醫療整併至院本部或其他地方，需待府、會以及醫院等多方的協調完成整合工作。

署立金門醫院花崗石院區，從民國六十九年落成命名花崗石醫院，後因戰地需求更名為國軍花崗石醫院，事異時移，隨著國軍裁撤國軍花崗石醫院卸下任務，由署立台北醫院接掌成為署北花崗石醫院；金門縣立醫院署立化後又併人成為署立台北醫院花崗石分院。