列為第三級古蹟的清金門鎮總兵署，怎麼一下子變成「縣定古蹟」了，原來按照文化資產保存法施行細則第七十六條之一規定，中華民國八十六年六月三十日以前公告之第一級古蹟視為國定古蹟；省轄第二級古蹟視為省定古蹟，省轄第三級古蹟視為縣(市)定古蹟。清金門鎮總兵署由於係在民國八十年十一月二十三日，經內政部公告指定為第三級古蹟，因此，依照文化資產保存法施行細則新規定，視為「縣定古蹟」。

目前委外經營的清金門鎮總兵署，最近很多人都發現，在古蹟前方廣場的「文化走廊」上方，架設了一個寫有「縣定古蹟清金門鎮總兵署」橫立的招牌，有些人就批評多此一舉，有些民眾則感覺莫名其妙。但也有些人認為，係為讓大陸或台灣觀光客容易辨識所設置。

金門縣經陸續公告古蹟數，原本有三十三處，但隨著金門縣政府再公告六處縣定古蹟，使金門縣古蹟達三十九處之多。

金門縣之前陸續公告的三十三處古蹟，分別是：第一級古蹟，邱良功母節孝坊。第二級古蹟，金門朱子祠、文臺寶塔、虛江嘯臥碣群、水頭黃氏酉堂別業、瓊林蔡氏祠堂、陳健墓、陳禎墓。第三級古蹟，奎閣、清金門鎮總兵署、豐蓮山牧馬侯祠、漢影雲根碣、盧若騰故宅及墓園、一門三節坊、邱良功墓園、海印寺石門關、蔡攀龍墓、陳禎恩榮坊、西山前李宅、古龍頭振威第、古龍頭水尾塔。縣定古蹟，將軍第、文應舉墓、陳顯墓、東溪鄭氏家廟、西山前李氏家廟、黃汴墓、慈德宮、黃偉墓、浦邊周宅、觀德橋、楊華故居、烈嶼吳秀才厝。

而經金門縣政府於九十五年六月十三日公告的六處縣定古蹟，分別是：金門縣「睿友學校」、「邱良功古厝」、「莒光樓」、「陳詩吟洋樓」、「烏坵燈塔」、「黃宣顯六路大厝」。

近代的金門，雖然歷經無數次戰爭的破壞，但如今金門縣的古蹟，依然是臺閩地區密度最高的縣份之一。從民國七十二年之後，先後經過專家學者鑑定，再由政府機關公告列入古蹟保護者，計有第一級一處、第二級七處、第三級十三處。民國八十六年五月，文化資產保存法修訂之後，又有十二處縣定古蹟列入保護，加上金門縣政府今年六月份再公告六處縣定古蹟，使得金門全縣境內列入保護的古蹟共有三十九處。

民國八十六年五月修訂的文化資產保存法第二十七條規定，古蹟依其主管機關，區分為國定、省(市)定、縣(市)定三級，分別由內政部、省(市)政府及縣(市)政府指定之，並報各該上級主管機關備查。

而委外經營的清金門鎮總兵署，金門縣文化局希望借由民間的力量結合資源統合與充分利用，期以古蹟建築開放參觀、閒置空間再利用與發展地方文化產業的概念為目標，達到相輔相成的合作效果，再創古蹟的第二春。

總兵署原址相傳是明朝萬曆年間「會元傳臚」許獬讀書的地方，名為「叢青軒」。後浦清金門鎮總兵署建成後，從此之後三百餘年，它是金門最高行政機關所在地，歷明、清而民國，具有其特殊的歷史和建築價值性、意義性，民國八十年十一月二十三日經內政部公告為台閩地區第三級古蹟。