配合「臺灣地區與大陸地區人民關係條例」第九條修正，「試辦金門馬祖與大陸地區通航實施辦法」也作部分條文修正，包括服務於金馬機關之政務人員、簡任第十一職等或警監三階以上公務員及警察人員，經向境管局(已改制為內政部入出國及移民署)申請專案許可，得赴大陸地區從事交流活動；為因應金馬地方政府發展觀光建議，考量旅行業者成本因素，在不影響安全管理容量及旅遊秩序品質前提下，也彈性放寬大陸人士來金馬旅遊團員人數上下限。

經修正的條文有：

第十條：在金門、馬祖設有戶籍六個月以上之臺灣地區人民，得向內政部警政署入出境管理局在金門、馬祖所設服務站申請許可核發入出境許可證，經查驗後由金門、馬祖入出大陸地區。

臺灣地區人民有下列情形之一者，得向服務站申請許可於護照加蓋章戳，持憑經查驗後由金門、馬祖入出大陸地區：

一、經經濟部許可在大陸地區投資之事業，其負責人與所聘僱員工，及其配偶、直系血親。

二、在大陸地區投資事業負責人及所聘僱員工之子女，或為外商在大陸地區所聘僱臺籍員工之子女，於金門、馬祖就學者，及其直系血親。

三、在大陸地區福建出生或籍貫為大陸地區福建之榮民。

四、在金門、馬祖出生或於中華民國八十九年十二月三十一日以前曾在金門、馬祖設有戶籍之臺灣地區人民。

五、與前項或前款人民同行之配偶、直系親屬、二親等旁系血親及其配偶、未成年子女；或與第三款人民同行之配偶、直系血親。

六、與在大陸地區福建設有戶籍大陸配偶同行之臺灣地區配偶或子女；該大陸配偶經申請定居取得臺灣地區人民身分者，其同行之臺灣地區配偶或子女，亦同。

前二項人民有入出國及移民法第六條第一項各款情形者，不予許可；已許可者，得撤銷或廢止其許可。第一項人民戶籍遷出金門、馬祖者，廢止其許可。

第一項及第二項人民具役男身分者，應先依役男出境處理辦法規定辦理役男出境核准。

具公務員身分或本條例第九條第四項第二款至第四款人員，除有下列情形外，應依臺灣地區公務員及特定身分人員進入大陸地區許可辦法規定辦理：

一、服務於金門、馬祖當地縣級以下機關，且所任職務之職務列等或職務等級最高在簡任或相當簡任第十職等以下之人員，除涉及國家安全或機密科技研究者外，經所屬縣政府、縣議會同意後，得申請許可由金門、馬祖進入大陸地區。

二、服務於金門、馬祖縣營事業單位人員，赴大陸地區從事公務活動者，或在金門、馬祖設有戶籍六個月以上，以非公務事由赴大陸地區者，經所屬縣政府同意後，得申請許可由金門、馬祖進入大陸地區。

三、服務於金門、馬祖警察機關及前二款以外各機關(構)，所任職務之職務列等或職務等級最高在簡任或相當簡任第十職等以下及警監四階以下之公務員及警察人員，在金門、馬祖設有戶籍六個月以上者，或未設有戶籍或設籍未滿六個月，以非公務事由申請赴大陸地區者，經所屬中央主管機關或其授權機關(構)同意，得申請許可由金門、馬祖進入大陸地區。但涉及國家機密或科技研究人員、國家安全局、國防部、行政院海岸巡防署、法務部調查局及所屬各級機關人員，不適用之。

經許可在金門、馬祖居留或永久居留六個月以上者，得憑相關入出境證件，經查驗後由金門、馬祖進入大陸地區。

經金門、馬祖公立醫院證明需緊急赴大陸地區就醫者，及其同行照料之父母、配偶、子女、兄弟姊妹或醫護人員，不受第一項設有戶籍或前項居留之限制。

第十條之一：下列各款情形，向內政部警政署入出境管理局申請專案許可於護照加蓋章戳，得持憑經查驗後由金門、馬祖入出大陸地區：

一、處理試辦通航事務或相關人員。

二、從事與試辦通航業務有關之航運、商貿活動企業負責人。

三、臺灣本島或澎湖人員，經檢具航空公司包機合約文件，包機前往金門或馬祖，轉搭船舶進入大陸地區從事宗教或其他專業交流活動者。

四、服務於金門、馬祖縣營事業單位以外各機關之政務人員，或所任職務之職務列等或職務等級跨列簡任或相當簡任第十一職等以上及警監三階以上公務員，申請赴大陸地區從事交流活動者。

五、服務於金門、馬祖縣營事業單位，且未在金門、馬祖設有戶籍或設籍未滿六個月之公務員，申請赴大陸地區從事非公務活動者。

六、服務於前條第五項第三款機關(構)，所任職務之職務列等或職務等級最高在簡任或相當簡任第十職等以下及警監四階以下，且未在金門、馬祖設有戶籍或設籍未滿六個月之公務員及警察人員，申請赴大陸地區從事公務活動者。

臺灣地區人民在大陸地區因天災、重病或其他特殊事故，有由金門、馬祖返回必要者，得向內政部警政署入出境管理局申請專案許可，由大陸地區進入金門、馬祖。

第十條之二：依第十條第一項規定許可者，核發三年效期多次入出境許可證；依第十條第五項及前條第一項第四款至第六款規定許可者，核發一個月效期單次入出境許可證；依第十條第二項第一款至第四款規定許可者，於護照加蓋一年效期多次入出章戳；依前條第一項第一款至第三款、第二十條及第二十條之一規定許可者，於護照加蓋一個月效期單次入出章戳；其餘於護照加蓋六個月效期單次入出章戳。

第十二條：大陸地區人民有下列情形之一者，得申請許可入出金門、馬祖：

一、探親：其父母、配偶或子女在金門、馬祖設有戶籍。二、探病、奔喪：其二親等內血親、繼父母、配偶之父母、配偶或子女之配偶在金門、馬祖設有戶籍，因患重病或受重傷，而有生命危險，或年逾六十歲，患重病或受重傷，或死亡未滿一年。但奔喪得不受設有戶籍之限制。

三、返鄉探視：在金門、馬祖出生及其隨行之配偶、子女。

四、商務活動：大陸地區福建之公司或其他商業負責人。

五、學術活動：在大陸地區福建之各級學校教職員生。

六、就讀推廣教育學分班：受僱於經經濟部許可在大陸地區福建投資之事業，且在該事業任職達一年以上。

七、宗教、文化、體育活動：在大陸地區福建具有專業造詣或能力。

八、交流活動：經內政部警政署入出境管理局會同相關目的事業主管機關專案核准。

九、旅行：經交通部觀光局許可，在金門、馬祖營業之綜合或甲種旅行社代申請。

前項第九款應組團辦理，每團人數限五人以上四十人以下，整團同時入出，不足五人之團體不予許可，並禁止入境。

第一項各款每日許可數額，由內政部公告之。

大陸地區人民於金門、馬祖海域，因突發之緊急事故，得申請救助進入金門、馬祖避難。

依第一項或前項規定申請者，其停留地點以金門、馬祖為限。

第三十六條：本辦法施行日期，除中華民國九十五年十二月二十九日修正發布之條文，自發布日施行外，由行政院定之。