商港法規定，交通部為管理商港，於各港設商港管理機關；故依法金門商港之規劃興建及管理經營業務，應屬交通部職權，毋庸置疑。為避免金門港務處逾越執行「無法源依據」之事務，並考量「金門商港整體工程」對金門海運建設，及目前執行小三通通航事務之深遠影響，縣籍立委吳成典乃在立法院本會期院會中提案，建請交通部實應依據商港法之規定，實質接辦「金門商港整體建港計畫」工程及後續之管理經營業務，不應再委由金門港務處經營。

案經行政院交據交通部研處，並於日昨函覆吳成典指出，金門縣政府自戰地政務解除接管金門商港以來，已完成多項港埠建設，並提供小三通輸運服務，成效卓著，該部各港務局因應人事精簡政策，人力緊縮，實未能增設組織或移撥人力接管金門商港，惟為協助金門商港相關建設之推動，該部除邀集相關學者專家組成「交通部推動金門港建設執行小組」外，並由運輸研究所港灣技術研究中心擔任「金門水頭商港興建工程委託技術總顧問」，目前運作順遂，未來該部仍將於工程技術方面予以全力協助。

交通部指出，該部於八十七年至八十八年間，為配合台灣省政府組織功能調整，檢討修正商港法部分條文時，曾多次邀請金門縣政府等有關單位，召開研商金、馬國內商港管理體制歸屬及法源依據之相關會議，金門及連江縣政府均表示同意維持由地方政府管理，爰予修正商港法第四十九條，明確賦予地方政府經管商港之法源；此外，港埠建設與地方發展息息相關，除港埠整體規劃需與全國港埠發展政策一致外，由地方政府管理，當可與地方施政相互配合，收因地制宜之效。有關金門港埠經營管理體制，仍維持金門縣政府設置金門港務處為管理機關，未來俟全國航港管理體制確定後，再做通盤性檢討。