經過金門縣防疫所過去一整年的監測，在偶蹄類草食家畜的疾病防治及管理上，金門地區並沒有出現口蹄疫、狂牛病病毒；但防疫所曾撲殺過十九頭鹿，因為有兩戶人家所飼養的鹿，在結核病的檢驗上，出現了陽性反應。

金門地區的偶蹄類草食家畜包括：乳牛一百四十頭、牛隻(黃雜肉牛)三千三百九十六頭、羊四千四百四十一頭、鹿九百三十九頭。

防疫所去年曾對乳牛四百二十頭次、肉牛六千四百二十一頭次、羊八千九百二十一頭次，進行口蹄疫防疫注射。

被採血的草食家畜共有五百零九頭次，被採取咽喉液的共有二十八頭次；經過檢驗後，一般抗體的反應良好；對抗體反應較低者，都已經實施過牧場訪視調查及注射補強。

在監控過程中，防疫所曾發現有五頭牛的口蹄疫非結構性蛋白呈現陽性反應，並已分別採取隔離觀察等措施，但並未測出有口蹄疫的病毒。防疫所的人員表示：口蹄疫非結構性蛋白陽性與疑似口蹄疫之間，沒有「等號」關係；但因為原因不明，所以必須隔離觀察。(農委會曾指出：有陽性反應並不表示就會發生口蹄疫。按照國際標準程序來說，只有成功分離出病毒，才能證明感染口蹄疫)

在肉品巿場的監測方面，共有一百零八頭牛、二百八十頭羊的血清被採樣及送檢。

在乳牛的結核病及布氏桿菌檢驗方面，受檢的一百三十九頭乳牛，都呈現陰性反應。

在牛籍管理的工作上，防疫所去年曾為六百四十六頭牛隻釘掛耳標，為五百零七頭牛實施冷烙，辦理死亡除籍的牛隻共有八十三頭，全年核發牛隻防疫卡及屠宰牛隻共計二百四十六頭。

在鹿隻方面，防疫所曾針對六個畜牧戶的六百八十六頭鹿，進行結核病檢驗，結果有十九頭鹿(分屬兩戶)呈現了陽性反應，隨即撲殺，並給予補償。

金門畜試所共有梅花鹿一百五十五隻，水鹿三十三隻。去年生產了小梅花鹿十隻，小水鹿兩隻。其中有一百八十七隻接受了口蹄疫注射及肺結核檢測，結果都呈陰性反應。

根據防疫所的說明，金門縣正在推動鹿茸銷台計畫，一旦銷台可行，在內部風險管控上，必須做到：落實鹿籍建檔及管理；落實自衛防疫；實施抗體監測及血清學監測；建立認證制度。

在自衛防疫方面，除了不能有口蹄疫之外，鹿結核病的檢驗結果也必須是陰性，才能允許銷台；如果業者不能全面配合，就會被管制銷台。