金門縣政府表示，為防範家禽流行感冒入侵之防疫需要，自九十六年二月一日起，賡續管制鳥類及禽、鳥類糞便運入金門地區。另外，基於防疫需要，並自九十六年二月十六日起至九十七年二月十五日止，管制偶蹄類動物之活體及其生鮮、冷藏、冷凍產品(不含加工、醃製及熟化製品)運入金門地區。

金門縣政府建設局表示，依動物傳染病防治條例第二十八條規定辦理的賡續管制鳥類及禽、鳥類糞便運入金門地區，係為防範家禽流行感冒入侵之防疫需要。而管制期間運入之鳥類，申請人需檢附輸出所在地防疫機關出具來源場過去三個月未有高病原性家禽流行性感冒、新城病、家禽霍亂及其他人畜共通傳染病證明文件(函)；運入之該批鳥類應有腳環編號，運入前三個月內該批鳥類數量三十隻以下者全數抽驗、三十隻以上者隨機抽驗三十隻血清，送行政院農業委員會家畜衛生試驗所(或其它公立機構)檢驗，檢測結果呈高病原性家禽流行性感冒血清抗體陰性反應，業者憑該批鳥類腳環編號清冊、所在地防疫機關證明函及檢驗報告正本向金門縣政府申請，以便運抵時進行核對，如有不符則退運。

縣府建設局表示，由於禽、鳥類糞便保毒時間常達六個月之久，施用時恐隨塵埃四處飛散，病毒借空氣到處散播影響民眾健康，管制期間禁止雞糞、鴨糞等禽、鳥類糞便及其它污染物運入金門地區。

縣府建設局並表示，依動物傳染病防治條例第二十八條規定辦理的管制偶蹄類動物之活體及其生鮮、冷藏、冷凍產品(不含加工、醃製及熟化製品)運入金門地區，係自九十六年二月十六日起至九十七年二月十五日止。

建設局表示，偶蹄類動物來源場應於過去三個月無發生或可能感染口蹄疫及其他甲類動物傳染病、人畜共通傳染病等。豬隻以外之偶蹄類動物，於運入前半年內經抽血檢驗血清，結果需呈口蹄疫非結構蛋白陰性反應及中和抗體達保護力價以上。豬隻於運入前一個月內，應經血清檢驗，結果需呈口蹄疫非結構蛋白陰性反應及中和抗體達保護力價以上，所有人或代理人於運入前填具申請書，並檢齊相關證明文件，向金門縣政府申請許可後，始得運入。

建設局並指出，豬隻之生鮮、冷藏、冷凍產品，廠商必須專案向金門縣政府申請核准後始可輸入，所輸入其之產品(含肉品、內臟)應為CAS優良肉品廠商所生產者，並檢附原廠商出貨單及發票(正本驗畢發還)；旅客攜帶自用十公斤以內免申請。凡經查驗不合格者(非CAS產品)應予退運外，該申請人(廠商)將限制運入許可一年，並將供應商資料陳報權責單位，取消其CAS產品認證。而豬隻以外之偶蹄類動物的生鮮、冷藏或冷凍產品，需檢附檢驗合格證明書及供貨人出貨單及發票(正本驗畢發還)向金門縣政府申請核准後始可輸入。