金門與大陸「小三通」方案，於民國九十年元月實施，實施多年來，地方殷切期望中央，能擴大人員往來適用對象，並推動「金閩臺旅遊發展圈」，以及人貨中轉，讓小三通促進、帶動金門經濟起飛和繁榮。

根據金門縣港務處表示，金門「小三通」海運載客量的統計，九十年度入出境二萬一千三百七十七人次(入境一萬七百零二人次、出境一萬六百七十五人次)；九十一年度入出境五萬三千六百八十一人次(入境二萬六千五百四十八人次、出境二萬七千零九十七人次)；九十二年度入出境十六萬一百五十二人次(入境八萬一百八十三人次、出境七萬九千九百六十九人次)；九十三年度入出境四十萬六千九百三十八人次(入境二十萬二千五百零五人次、出境二十萬四千四百三十三人次)；九十四年度入出境五十一萬八千七百二十八人次(入境二十五萬八千二百三十六人次、出境二十六萬四百九十二人次)；九十五年度入出境六十二萬三千零八十三人次(入境三十萬九千一百五十一人次、出境三十一萬三千九百三十二人次)；九十六年度(一至四月份)入出境二十四萬五千零三十人次(入境十二萬九百四十六人次、出境十二萬四千零八十四人次)。

至於金門「小三通」海運載貨量統計方面，金門縣港務處指出，九十年度計輸入一萬六千七百二十九公噸，二十三船次。九十一年度輸入、輸出合計六萬二百六十七點五九公噸(輸入五萬九千五百一十五點一四公噸，輸出七百五十二點四五公噸)，計一百一十六船次。九十二年度輸入、輸出合計十五萬一千五百五十四點五八公噸(輸入十五萬一千零四十一點三六公噸，輸出五百一十三點二二公噸)，計一百九十七船次。九十三年度輸入、輸出合計三十二萬四千五百一十八點零九公噸(輸入三十二萬四千一百八十七點一九公噸，輸出三百三十點九公噸)，計三百八十八船次。九十四年度輸入、輸出合計三十八萬八千零七十三點一九公噸(輸入三十八萬七千四百四十二點七三公噸，輸出六百三十點四六公噸)，計四百三十六船次。九十五年度輸入、輸出合計三十七萬三千四百七十一點六公噸(輸入三十七萬二千六百八十三點九公噸，輸出七百八十七點七零公噸)，計三百八十八船次。九十六年度(一至四月份)輸入、輸出合計二十六萬二千三百八十點八三公噸(輸入二十六萬一千九百三十二點八三公噸，輸出四百四十八公噸)，計一百二十一船次。

在小三通商貿執行成效方面，由大陸進口金門地區商品以「砂」、「石」、「建材」為主。由金門輸出大陸商品以「金酒」、「特產雜貨」為主。而大陸生鮮蔬果進口至九十六年四月，計四十二點一二噸。而在人員往來方面，大陸人民在九十三年十二月正式以「旅行」名義來金門觀光，九十三年有四團六十四人、九十四年有一百七十團三千一百二十九人、九十五年有七百零四團一萬三千五百八十四人，迄九十六年四月三十日，共計有一千一百一十三團五萬六千一百二十三人入境。

金門縣港務處指出，金廈小三通海上客運之便利性已見成效，但適用對象受限，諸如台籍人士等均不得經金門進出大陸，未能進一步發揮更大之通航效益。而大陸人士來金旅遊方面，則囿於申照程序不便，來訪人次不如預期，無以帶動金門觀光產業發展效益。

至於民生物質進口方面，金門縣港務處指出，由於程序冗長繁雜不便，關稅規費增加負擔，常規進口不具誘因，走私現象不能化暗為明，低劣大陸商品充斥市面，嚴重影響民眾健康與安全。而原物料進口上，可得輸入金馬之大陸商品雖品項繁多，但申請輸入者寡，且品項侷限砂、石、建材，其主因在稅費負擔與進口程序不便，未能發揮「引進大陸價廉原物料，帶動離島產業發展」之政策效果。而郵務往來方面，迄未啟動，不能直接通匯與郵務往來，已嚴重影響現行雙邊郵務運作。

金門縣港務處指出，地方對於小三通期望，主要為：兩岸人員往返轉運樞紐；臺灣地區貨物輸出、入大陸可選擇之進出口港；金門福建間發展邊貿經濟行為(商貿、金融、投資、技術、勞動、旅遊)；推動「金閩臺旅遊發展圈」。在人員往返部分，除目前准由「小三通」往返大陸人員外，積極建議擴大對象：一、凡持有中華民國護照的國民，均比照港澳模式，經由小三通，自由進出大陸地區。二、祖籍金門之華僑及親屬，准其適用小三通，並得由台灣返回僑居地。

在觀光旅遊方面，金門縣港務處建議，全面開放大陸人士入台觀光或專案活動得經由金馬入出，並簡化手續，縮短申請時程，以及擴大團組，單、團證併行；外籍人士來台旅遊，准其適用小三通往返大陸或台灣；推動金廈「邊境旅遊」。

有關貨物部分，推動地區小額小量農、漁、畜產品，在「免課徵關稅」、「簡化檢驗、檢疫程序」及「減免行政規費」操作下，進口金門市場，以消弭非法走私，防杜疫情引入之危機。而輸出大陸貨品不再侷限福建台商生產所需原物料，應以切合台商需求，較能符合物品經濟效益，並增進貨物流通，減少金門至大陸海運回程空載現象。

金門縣港務處表示，小三通實施後，金門港之客貨運發展潛力相當大，隨著小三通之擴大實施，金門地區莫不熱切期待未來亮麗之發展前景，在相關政策之持續開放下，相較於台灣各港，甚至連馬祖福澳港，金門港之建設已遠不及且不符需求，且建港工程施建費時，金門港必須提前建設以因應未來發展需求，以避免未來發展因港埠設施不足，致影響相關政策之研定及推動。