金門的水資源運用，主要面臨兩項問題，一是如何改善現有水質及供水問題；二是如何因應未來金門縣成為一個國際觀光休閒島嶼所帶來的用水增加衝擊，是否能夠提供足夠的水源，將成為一大課題與現實挑戰。

金門地質主要為花崗片麻岩，島上地勢低緩，河流短促，最長的河流為浯江溪，但已呈現乾涸狀態，其餘溪流則大多為涓流小溪，並無實質之水利作用。

在地下水部分，由於東半島多為花崗岩地質，且太武山直立中央，因此四周平地沖積含水層淺薄，除成功、瓊林附近含水層較為豐富外，其餘地帶地下水有限。因此，東半島自來水源多依賴湖庫水源。而在西半島，由於地質透水性良好，地下水豐富且水質佳，故金城、金寧兩鄉鎮，均以地下水為自來水水源。小金門則以地面水為主，地上水為輔。

金門縣全年降雨量多在四月至八月，颱風則發生於七、八月，季節風多東北風，風勢以七月至十二月較強。平均溫為攝氏二十一度，最高月均溫是八月二十八點二度，最低月均溫是一月十二點八度。年平均降雨量為一千零七十三公厘，年平均蒸發量一千六百八十七公厘，蒸發量大於降雨量。

金門縣的地面水蓄水量，從民國五十六年的一百一十四萬立方公尺，到今日的四百餘萬立方公尺，整整成長四倍。其中各水庫及蓄水池相繼完工，因而各湖庫蓄水總量大為增加。

金門縣因地形、天候等條件，而無巨川長流，平均年降雨量約一千零七十三公厘，僅為台灣的百分之四十左右，且降雨時間與降雨分布極不平均。其中，百分之七十五集中於四月至八月左右，復因年平均蒸發量約一千六百八十七公厘，形成雨量少而蒸發量大之乾燥氣候；另金門縣現有水庫之水源多賴梅雨及颱風暴雨，雖已開闢多座水庫蓄水，惟其降雨時間短暫，加上集水面積狹小且河川短，以致大部分地區地表逕流不易聚集而直接入海，水資源之涵養與開發困難。未來如加上擴大開放大陸觀光客觀光旅遊、人口迴流，或工商區開發等因素影響，則現有湖庫水源，將愈形不足。

在金門水資源為面對未來開發及人口增長，亦為減少抽取有保命水之稱的地下水，故急需未雨綢繆構思將來用水之道，如何開源節流使水資源達到最大效益，將是應面對的重要課題。在節流方面，節約用水、監視地下水質及水權劃設、加速汰換管線減少漏水率、劃設水源保護區、二次水利用、高級(薄膜)淨水處理、二元供水系統，都是節流努力目標。

而隨著自來水普及率及接管長度之增加，漏水率已由民國八十八年約百分之十六攀升為民國九十年之百分之三十，同時期台灣省之漏水率為百分之二十三、台北市為百分之二十五，漏水率過高將造成供水成本增加及水資源之浪費。目前水利署對台灣地區整體之漏水率計畫降至百分之二十以下，降低漏水率可直接反映在需水量之降低，以及減輕開發水源之壓力。

在開源方面，海水淡化廠為政府解決水源不足的開發方案之一。雖然，金門縣政府也極力建議中央可考量從大陸引水，但因事涉兩岸事務，因此，行政院及陸委會於政黨輪替後，均以金門水源應自給自足否決該案。

但依據目前修訂之(金門縣綜合發展計畫)暨(離島綜合建設實施方案)基本構想，金門縣未來總體發展目標定位為(國際觀光休閒島嶼)，在今後發展過程，勢必積極引進人口迴流和主力發展國際觀光休閒產業，在未來五、六年內，人口成長將比現有戶籍七萬人急增為倍增以上，因而與大陸對岸儘速溝通協調解決用水問題，也是應該面對的途徑。