為擴大服務小三通旅客，金門港務處釋出水頭碼頭舊有旅客通關中心，招商開設的旅客休憩服務站於八月起開幕啟用，由食品業者提供購買特產和餐飯業者提供餐飲服務，讓往返金廈兩岸的旅客享有航空站級的服務水準，稱便不已。

金門港務處表示，小三通自二零零一年一月二日啟動，迄今已經六年七個多月，過去旅客反映碼頭沒有餐飲服務，候船十分不便，但因礙於場地受限而未能解決，由於新建旅客通關大樓啟用，因此，優先檢討開設旅客休憩服務站。

業者標榜旅客休憩服務站不但可購買到金門的貢糖、麵線、陶藝、一條根、鋼刀等特產，也有道地台灣口味的酥餅、鳳梨酥、宜蘭餅、大溪豆干、澎湖鹹餅、果凍等伴手禮，而且有金門風味簡餐、麵點湯品、冷熱飲等供應，提供往返兩岸旅客補充元氣的中轉站。讓金門鄉親在水頭碼頭旅客休憩服務站可以買到道地台灣口味的禮品，讓台商朋友不用大老遠大包小包搭機帶到金門來，以後可以直接在水頭碼頭旅客休憩服務站採購就可以。

水頭碼頭旅客休憩服務站啟用，吸引旅客上門光顧，陳姓旅遊業者表示，小三通去年一年流量突破六十二萬人次，但是水頭碼頭沒有餐飲場所，旅客如果遇上客船誤點、天候不佳等，往往在碼頭餓肚子等船，抱怨不已，現在隨著休憩服務站啟用，讓碼頭提昇為航空站級的服務水準。