根據天下雜誌針對全國二十五縣市長施政滿意度調查，金門縣在縣市治理力總排名第二。其中，教育文化競爭力排名全國二十五縣市第一名，治安、衛生名列全國二十五縣市第二名。縣市治理力的第三個面向「治安競爭力」部份，離島澎湖縣、金門縣、連江縣與台東縣因民風純樸，治安狀況最為理想。

小三通實施前，金門、馬祖地區在防區司令主持下，設有「安全協調會報」，惟因該會報之定位，為各單位成果會報，非執行會報。不但法源上，防區司令無從指揮各檢警憲調海巡等司法機關，執行打擊犯罪之業務，且協調會報本身，因未設立執行任務編組，亦無法因應小三通之具體治安事件。

基於一般司法案件之偵查指揮權責乃金門地檢署職掌，經於民國九十年十二月二十八日召開檢警聯繫會議時，金門地檢署即提案設立「金馬地區治安聯防中心」，本「情資分享、協同偵查」的理念，統合轄區檢察、警察、調查、憲兵、海巡、海關、機場航警等單位，建立情資聯繫管道，再依各單位職能分工，構建統合查緝機關之指揮系統，每月各單位提報當月重大治安情資予中心，再由主任檢察官召集各單位偵查小組就單位所蒐集之情資，作綜合分析研判後，進而著手規劃查緝作為，審慎偵辦。併每季舉行擴大會報，由單位呈現查緝犯罪成果，進行檢討與策進。

案經籌備後，自九十三年三月正式實施，先成立「金門地區治安聯防中心」，針對地區走私集團、假金酒仿冒集團、盜採海砂破壞國土集團、官商勾結瀆職集團，及賄選樁腳、幽靈人口之網絡，事先皆能充分掌握情資，嚴密監控。

金門地區長期以來，因受戰地政務管制，地方民風純樸，治安良好，在戰地政務解除前人員進出受嚴格管制，蓋因地理環境封閉，犯罪難以潛逃，因此相對的犯罪率也低。但自民國七十六年解嚴、民航通航、開放小汽車進口，民國八十一年底解除戰地政務，民國八十九年實施小三通，金門的治安狀況也隨著時空環境變遷而有所改變。

民國七十二年以前，金門年犯罪數在一百件以下，民國七十三年至七十五年，一百二十到一百五十件，七十六年升至二百件，直到八十年都約莫這個數字，民國八十一年解除戰地政務、開放觀光，至民國八十七年升至約每年二百五十件，民國八十八年起因為多了取締酒後駕車及安非他命，外加兩岸偷渡、走私案件日多，年犯罪案件陡增至四百三十件。民國九十年犯罪發生數四百一十七件，民國九十一年五百二十四件，民國九十二年五百五十五件，民國九十三年六百三十四件，民國九十四年五百九十件。

金門地區犯罪數雖有逐漸增加情形，但破案率仍維持七成以上，值得注意的是觸犯毒品危害防制條例人數的增加，顯示地區潛在毒品人口仍有。另外，妨害電腦使用罪大幅成長，且觸犯者大多為未滿十八歲之青少年。而偷渡犯罪等違反國家安全法及行使偽變造身分證件或護照等偽造文書案件仍居高不下，顯示金門地區自民國八十九年試辦小三通以來，有心人士或不肖分子鋌而走險情事仍然存在，以偷渡搶灘方式上岸後再持偽變造證件搭機闖關情事仍有所聞。

而自兩岸人民開放交流以來，國內在逃要犯偷渡潛入中國大陸藏匿，甚至遙控犯罪集團犯案，造成國內治安隱憂。金門地區位處兩岸人民往來中樞，易成為逃犯偷渡前往大陸的中繼站。另外由於金門與對岸廈門近在咫尺，小額走私貿易難以杜絕，造成防疫漏洞。加上地區與外界接觸頻繁，社會風氣日漸開放，也造成治安問題複雜化，例如以往不曾在金門查獲的大型電玩場所，以及「轟趴」毒品派對，也都被查獲首次出現於金門地區。

為維護金門地區治安，警方除賡續原有例行業務外，在兩岸交流部份，應強化「兩岸治安聯防」，全力打擊兩岸犯罪；在地治安的維護則應強化「社區警政」的推廣，由內而外，同時建構治安防護網。另外，為因應國際情勢變化，也應加強人員進出管理並提高民眾警覺性，預防恐怖攻擊出現。

由於金門縣本身治安環境單純，但是隨著小三通試辦以來，無論過境旅客或觀光人口都急速增加，雖然治安狀況並未因開放而產生劇烈變遷，惟隨著對岸逐步開放大陸人民來金旅遊，及未來小三通是否擴大層面，為未來治安維護工作最大的挑戰。

金門縣長期以來治安情況良好，是全國有目共睹的，為防範地區治安惡化，除配合中央政府相關措施，也應因地制宜，研擬相關策略落實犯罪預防，以繼續確保居民人身安全。