大陸地區福建台商所需的台灣地區物品經由小三通轉運出口至大陸地區，出口貨物離岸價格十萬美元以下者，得免附台商自用切結書，且轉運之物品，應先運至金門、馬祖兩岸通航港口，並經當地海關完成通關程序後，始得輸出至大陸地區。若違規中轉將受處分。

據了解，目前申請載運經濟部所規定之進出口貨物申請的金門經營船舶運送業者，一個月有八至十航次輸往大陸。

針對大陸地區福建台商所需之台灣地區物品經由金門、馬祖轉運至大陸地區之相關輸出規定，經濟部原規定，轉運至大陸地區之台灣地區物品，以供應經由經濟部核准登記有案的大陸地區福建台商為限。其次，出口商於報關出口時，應檢附大陸地區福建台商出具之自用切結書，切結書並應經當地台商協會核章證明。

最後，輸出台灣地區物品，應另依「中華民國進出口分類表」及「限制輸出貨品、委託查核輸出貨品合訂本」之相關規定辦理。而轉運之台灣地區物品應先運至金門、馬祖之兩岸通航港口，並經當地海關完成貨物通關程序後，始得輸出至大陸地區。

由於部分台商無法取得前揭資格，故鋌而走險，規避檢查，而有地下中轉之情形。

為此，經濟部才在今年一月十七日公告修正，放寬准許出口貨物離岸價格(以FOB 計價)十萬美元以下者，得免附台商自用切結書，惟轉運之台灣地區物品，仍應先運至金門、馬祖兩岸通航港口，並經當地海關完成通關程序後，始得輸出至大陸地區。

根據金門縣政府交通旅遊局指出，爭取台灣樣品可直接由金門進入大陸，經濟部亦於九十六年一月十七日公告放寬貨物轉運至大陸輸出規定(貨物離岸價格「以FOB 計價」十萬美元以下者，得免附大陸台商出具之自用切結書)，金門縣港務處已邀集高雄港務局、農委會動植物防疫局、財政部高雄關稅局及金門地區經營船舶運送業者等單位，於九十六年五月八日進行「小三通船舶、貨物進出口申請作業講習」與座談會，俾使地區經營船舶運送業者得依法申請經營小三通小額貨物進出口業務。

另據高雄港務局金門辦事處表示，目前小三通貨運定期航線業者，自九十六年七月三日起陸續有申請載運經濟部所規定之進出口貨物申請(每週約有二、三航次)。

金門縣政府表示，根據經濟部公告，大陸地區福建台商所需之台灣地區物品經由金門、馬祖轉運至大陸地區之相關輸出規定如下：(一)轉運至大陸地區之台灣地區物品，以供應經由經濟部核准登記有案之大陸地區福建台商為限。(二)出口商於報關出口時，應檢附大陸地區福建台商出具之自用切結書，該切結書並應經當地台商協會核章證明立切結書人確係當地之台商。但出口貨物離岸價格(FOB)美幣十萬元以下者，得免附上揭切結書。(三)輸出台灣地區物品，應另依「中華民國進出口貨品分類表」及「限制輸出貨品、委託查核輸出貨品合訂本」之相關規定辦理。

依據經濟部表示，轉運之台灣地區物品應先運至金門、馬祖之兩岸通航港口，並經當地海關完成貨物通關程序後，始得輸出至大陸地區。經濟部九十一年十二月十七日經貿字第09109023970號公告同時停止適用。